随着人类大规模的从事宇宙活动，在人工卫星上生活的调整者和在地球上生活的自然人之间的矛盾日益尖锐。在C.E70年2月14日，被后人称之为的“血色情人节”，由调整者殖民卫星组成的专门军事组织“Z.A.F.T.”，即扎夫特，和以大西洋联邦为首的地球联合军终于撕破脸，惨烈的宇宙战争自此爆发。调整者阿斯兰（石田彰配音）的母亲在“血色情人节”里不幸丧生，让其决定加入扎夫特，参与夺取由地球军秘密研制的新型高性能机动战士的计划。与扎夫特对立的地球军则积极反抗，阿斯兰的儿时好友，同样身为调整者的基拉（保志总一朗配音）偶然中
机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗配音）、阿斯兰（石田彰配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决
一起乌龙事件，让擅长棒球的国见比吕（古本新之辅配音）没有去棒球强校，而是选择了一所没有棒球部的高中。曾和他一个初中也是其好朋友的橘英雄（宫本充配音）则去了棒球名校。但后来，比吕发现之前被诊断为玻璃之手再也不能打棒球的自己居然是蒙古大夫的牺牲品。热爱棒球的他和好友野田敦（津田健次郎配音）开始了组建棒球部一事。起初困难重重，波折不少。在这期间，比吕认识了新加入的棒球经理，迷糊但认真的古贺春华（铃木真仁配音）。春华对比吕颇有好感，但比吕心中一直对青梅竹马的雨宫雅玲（今村惠子配音）怀抱感情。而雅玲则是英雄的女朋友
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