在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后,人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日,入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶,他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉(婆裟羅天明饰)、达拉姆(松田優饰)及女领袖卡美拉(芳本美代子饰)。入间极力反对对古迹的触动,但丝毫无法改变上层的决定,最终导致三尊邪神复活,人类再度面临危机。与此同时,圆·大古(长野博饰)与柳濑·蕾娜(吉本多香美饰)相知相守,即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻,早已丧失奥特曼力量的大古
故事以现代学园为背景,星奏学院是一所分有普通科和音乐科的高中。两个学部有着极大的分别,无论校舍、校服、课程都各自为政。修读普通科的日野香穗子是个平凡的女孩子,充满阳光气息,无论遇到事情也会率直面对。一日她意外的看见音乐精灵利利,任性的利利便趁香穗子迷迷糊糊把魔法小提琴强行送予她,并软硬兼施逼使她参加学校的音乐演奏会。这个小提琴的特点是使用者不需任何技术都可以演奏出美妙的音乐,但使用者的心情需与小提琴共鸣才能弹奏。而一起参加比赛的其他五位成员都是来自音乐科的精英,其他无法参赛的音乐科学生对于香穗子这个普通科