《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。决斗者王国篇一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝
随着人类大规模的从事宇宙活动，在人工卫星上生活的调整者和在地球上生活的自然人之间的矛盾日益尖锐。在C.E70年2月14日，被后人称之为的“血色情人节”，由调整者殖民卫星组成的专门军事组织“Z.A.F.T.”，即扎夫特，和以大西洋联邦为首的地球联合军终于撕破脸，惨烈的宇宙战争自此爆发。调整者阿斯兰（石田彰配音）的母亲在“血色情人节”里不幸丧生，让其决定加入扎夫特，参与夺取由地球军秘密研制的新型高性能机动战士的计划。与扎夫特对立的地球军则积极反抗，阿斯兰的儿时好友，同样身为调整者的基拉（保志总一朗配音）偶然中
獅子王凱是改造人，改造他的父亲獅子王麗雄在他体内放入了神奇的宝石Gストーン。獅子王凱地球的和平，和邪恶的ゾンダー展开了战斗。
西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
主角罗那（兰/拿）是一个平凡的月之子（月之居民）。为贯彻月之女王迪安娜的回归地球行动而与另外两个同伴一同被送到地球。因不适应新环境而几乎遇险，被姬艾尔/苏菲亚姐妹所救而为她们家打工。在一次偶然的机会下发现了埋在矿山中的TurnAGundam并凭借月之子的经验/判断力而驾驶其对抗入侵的月之回归军。动画并没有特意便标榜罗那为NewType。剧中一些细节，例如罗那变装美女“罗伦”，用高达运牛，洗衣服等等都为这部高达增添了一份前所未有的轻松感．罗兰肩负月之住民的期望，他是为了用自己的肉体证明月之住民适合地球的环境
主人公——人类奇诺与会说话的摩托车汉密斯，毫无目的地在世界各处旅行。在世界的各处有着充满个性的国度，人们在与自己相适应的法律与常识之下生活，奇诺与汉密斯造访各种这样的国度，基本上只停留3天，之后便出发前往下一个国度。奇诺与汉密斯的这些旅行故事，时而温柔，时而哀伤，时而滑稽，时而痛彻心扉。这些美丽的故事，将一言难尽的鲜烈光景展现给读者。将“并不美丽，但也正因如此才美丽”的世界展现出来。
故事发生在艾雷西亚精灵学院之中，在这里学习深造的都是出身名门的千金大小姐们，她们要学会如何成为一名合格的精灵使。风早神人（古川慎配音）是一名平凡的十六岁少年，一次意外之中，他撞见了少女克雷尔（木户衣吹配音）出浴时的模样，又在误打误撞之中和她签订了契约，就这样，风早神人成为了学院之中唯一的男性精灵使。成熟可靠温文尔雅的琳丝蕾特（优木加奈配音），一本正经循规蹈矩的艾莉丝（石上静香配音），表面看来大大咧咧但内心却十分娇羞的菲雅娜（大西沙织配音），在这些可爱女孩子们的围绕下，神人会有着怎样趣味横生的校园生活呢？
鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待
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