某天，野比大雄（大原惠美 配音）偶然发现了童年时奶奶为自己缝制的玩偶熊，于是央求哆啦A梦（水田山葵 配音）去往过去看望已不再人世的奶奶（宫本信子 配音），野比大雄与奶奶重逢之后，奶奶提出希望能看到他长大结婚时的样子，野比大雄答应奶奶后与哆啦A梦再一次返回未来。婚礼那天，所有人都到场，但最重要的新郎成年野比大雄（妻夫木聪 配音）居然不在现场，情急之下，哆啦A梦让野比大雄假扮成年时的自己与源静香结婚，然而真正的成年野比大雄究竟去了哪里呢？
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。50名体验者刚分别进入
一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
某日，小新（矢岛晶子配音）、小葵和美伢（楢桥美纪配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉，却遭到了污垢达人博士的袭击，并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。
某日，小新（矢岛晶子配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子配音）的帮助下，小新一行人
从人类开始开发宇宙开始进入A.C.（AfterColony）纪年，在第一个宇宙殖民地L1完成后百年，地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争，而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維，并在各殖民地和地上展开演说推广其理想，但其在A.C.175遭到暗杀（其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员），随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队（后来的OZ前身）镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。A.C.195年强力反对地球统一政府强力支
传说，从古至今妖魔就潜藏在人类的世界中，人类对妖魔完全束手无策，于是求助妖魔猎人。妖魔猎人是身材苗条背着巨剑的银瞳女子，她们的身体里混有妖魔之血，可算是半人半妖。因背着巨大的剑，人们故而称呼她们为大剑。本作故事正是围绕着大剑中的一员克蕾雅和人类少年拉基，以及其他大剑成员的相遇相知而展开的冒险故事。
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