位于东京西部的巨大“学园都市”。 在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行， 扫平学园都市的“黑暗”!
「不管发生什么事都要用心思考…现在该怎么做。还有该笑的时候…就不要哭。」“才贺”是日本大财团，以高科技产品闻名，才贺集团的各式各样机械技术之所以处于领导地位，是因为才贺家的男性由他们的祖先到现在都很喜欢机动木偶， 所以对于机械设计颇有心得。才贺集团主席才贺贞义和情妇生下一个小孩子，名叫 "胜" 。胜还是一个小学生，在才贺贞义因为交通意外身亡后，继承了所有遗产。这样的安排当然使贞义其他的子女不满，他们雇人追杀胜。就这样，才贺勝、加藤鸣海、白银、这3位主人公的命运的齿轮，与
“谜”所指的就是谜团，在充满恶意（小至恶作剧，大至恨意）的谜团（谋杀事件）解开之时，会释放出大量的能量。主角——魔界的变种生物脑啮涅罗，就是专门吃“谜”为生的魔界异种生物，在吃完了魔界的“谜”之后，来到人间寻找最极致的“谜”。在他刚到人间时正巧遇到因为父亲遭到杀害，而失魂落魄的女主角弥子，于是便露出真面目强迫弥子当她的代理人，并借着弥子的手顺利的解开了数个事件。由于涅罗凭着对于“谜”的敏锐直觉使弥子成为了著名的大侦探，两个人于是成立了一间侦探事务所，共同寻找极致的“谜”。魔人探侦脳噛ネウロ是由日本漫画家松
女子高中生音无小夜（喜多村英梨配音）有一个幸福的家庭和一群善良的朋友，虽然丧失了一年之前的全部记忆，但这并不妨害她享受眼前的快乐时光。在这个世界中，出现了一种名叫“翼手”的怪物，它们拥有永恒的生命，以鲜血为食，现在，这些怪物的存在逐渐威胁到了人类的安全。表面上来看，小夜和这些可怕的怪物似乎一辈子都不会有所交集，但在2005年的这一天，当那个漆黑的不详男子出现在小夜的面前时，一切都改变了。男子名叫哈吉（小西克辛配音），他的到来不仅改变了小夜的命运，也唤起了小夜丢失已久的回忆。为了保护世界和所爱的人，小夜拿起
小学生木之本樱（丹下樱配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛牌的东西。现在，封印解除了，它要小樱成为库洛魔法师，它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天，小樱的班上转来了一个名叫李小狼（熊井素子配音）的转学生，这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来
拥有28万人口的三门市，其境内某天突然打开了一扇通往未知世界的大门。从大门的另一端，被称为“近界民”的怪物蜂拥而出。人类惊慌失措之余发现，地球现有的武器对近界民完全没有任何效果。危急时刻，神秘团体境界防卫组织“BORDER”出现击退近界民，三门市总算回归往昔的正常生活。如是过了四年半的时间，隐藏着作为“BORDER”成员身份的初中学生三云修（梶裕贵配音）和转学生空闲游真（村中知配音）相遇，而对方竟然是来自门另一头的近界民，此行的目的是为了找到自己的父亲。分出不同阵营的二人，注定要在命运的战争中激烈碰撞……
新学期开始，各个社团都在大力招新，青春学园的强势社团网球社迎来了一位从美国回来的新生越前龙马（皆川纯子配音）。个头虽小气场却不小的龙马寡言少语性格颇拽，引来了前辈们的不满。但一经较量后，发现龙马果真实力非凡，虽然是一年级，但还是入选为正式队员，目标直指全国大赛。而网球社的成员也都各有各的本领和个性。总是笑眯眯的不二（甲斐田雪配音）、爱操心的大石（近藤孝行配音）、龙马的好友桃城（小野坂昌也配音）、桃城的死对头海棠（喜安浩平配音）、闹腾的菊丸（高桥广树配音）、数据控的乾（津田健次郎配音）以及实力强劲的队长手冢
故事发生在遥远未来的浩瀚宇宙中，银河帝国与从帝国中分裂开来的自由行星同盟是存在于其中的两大势力，他们相互为敌，之间不断发生着残酷的战争。联结着帝国和同盟的，是两条著名的回廊——“费杀回廊”和“伊谢尔伦回廊”，而在费沙回廊中，存在这一个特殊的国家——“费沙自治领”，这个看似弱小的国家以它的方式在动荡的局势中独善其身，成为了不可小觑的又一股势力。长久以来，在三股势力之间维持着微妙的平衡，而帝国的莱因哈特·冯·罗严克拉姆（堀川亮配音）与同盟的杨威利（富山敬配音）的出现预示着平衡的终结，历史的车轮就此开始转动。
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