为了赢得真正的胜利，调查军团决定执行夺回玛利亚之墙的作战。作战内容是利用艾伦的硬质化能力将位于玛利亚之墙希干希纳区城墙上的破洞封住。而且还要查明沉睡在艾伦老家地下室的「真相」。但是，「野兽巨人」等巨人就在那里等着他们！
拥有28万人口的三门市，其境内某天突然打开了一扇通往未知世界的大门。从大门的另一端，被称为“近界民”的怪物蜂拥而出。人类惊慌失措之余发现，地球现有的武器对近界民完全没有任何效果。危急时刻，神秘团体境界防卫组织“BORDER”出现击退近界民，三门市总算回归往昔的正常生活。如是过了四年半的时间，隐藏着作为“BORDER”成员身份的初中学生三云修（梶裕贵配音）和转学生空闲游真（村中知配音）相遇，而对方竟然是来自门另一头的近界民，此行的目的是为了找到自己的父亲。分出不同阵营的二人，注定要在命运的战争中激烈碰撞……
自从超大型巨人出现，人类的和平与幻想被打破的那天开始，艾伦·耶格尔无尽战斗的日子就未曾中断……。毫无抵抗之力，眼睁睁看着母亲成为巨人的饵食，发誓将巨人一个不剩地从世上驱逐的艾伦。但，在残酷战斗的途中，他自己也变成了巨人的姿态——。为了夺回人类的自由而驱使巨人之力的艾伦，在席纳之墙的史托黑斯区与“女巨人”交锋。这场巨人之间的激烈战斗，由艾伦艰难地取得了胜利。即使如此，艾伦以及人类也没有休息的时间。下一场战斗已经宣告开幕。面对逼近罗塞之墙的大群巨人，人类将如何对敌！？
故事发生在巨人与人类共同相处的一所学校中，艾伦和他的伙伴们将与巨人之间爆发出怎样的故事呢？
舞台位于乡下的名门女子初级中学——私立蜡梅学园。有一位名叫明日小路的少女，梦想着能够穿上这所学园的水手服。因为某个契机，她实现了这一梦想，于是在紧张中迎来了开学典礼的日子——「我要穿水手服」怀抱着决心，少女梦想的初中生活就此展开♪同班同学、学校供餐、社团活动…小路拼尽全力，奔跑在充满“第一次”的每一天！这是少女们闪闪发光的青春日记。「我能交到很多朋友吗？」
在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎配音）、温柔善良爱护小动物的春日部耀（中岛爱配音）以及高傲自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。似乎接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人黑兔（野水伊织配音）。十六夜他们得知，必须运用天赐的特异功能在箱庭进行难度不等的神魔游戏。不按常理出牌的主人公
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