十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校，结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸，佐助自小就发誓要超越哥哥，为家族报仇。
司徒王允设下连环计，赚得吕布杀死董卓。而各路诸侯经过前期的攻伐兼并，此消彼长，慢慢形成了几个主要的军事集团。曹操孟德（渡哲也配音）率先进入残破的洛阳迎接汉献帝（佐藤浩之配音），从而以丞相身份挟天子以令诸侯，其麾下文有荀彧，武有夏侯惇，可谓良才如云。长江以南，孙权（柴田秀胜配音）结果兄长孙策的权杖，建立起割据一方的东吴政权。与此同时，相对弱小的刘备（あおい輝彦配音）听从诸葛亮（山口崇配音）的建议在蜀地形成自己的一方势力。三国鼎立的局面即将形成，而孙刘两家还将迎来曹操大军的进攻，这正是名垂青史的赤壁之战……
三顾茅庐后著名的隆中对以及具有决定性意义的赤壁之战，帮助刘备（あおい輝彦配音）称霸一隅，和强大的曹操（渡濑恒彦配音）、孙权（柴田秀胜配音）形成三足鼎立的格局。公元208年，诸葛亮（山口崇配音）与东吴水军都督配合，在赤壁击败曹操的八十万大军，从而使刘备确立了在荆州的统治。为了进一步实现三分天下的格局，刘备在庞统、魏延、黄忠等人的陪同下入军蜀中，途中却受到自称关羽之女凤姬（鶴ひろみ配音）的飞矢警告。他自告奋勇帮助刘璋迎战汉中张鲁，而一代谋士庞统最终死在了落凤坡。魏、蜀、吴三国之争进入了最后决断时刻，谁将成为中
在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生，加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被问以庇护“绝望的残党”这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可
