击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。司波达也（中村悠一配音）和妹妹司波深雪（早见沙织配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃配音）、认真努力
电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师，担任全校最不被看好的班级3年E班的导师，与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物，却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂，却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定，也陪伴着他们到了7年后的未来。
因为6年前的革命而失去一切的原皇子卡鲁艾露，和自己喜欢的少女克雷亚一起前往空中的岛屿ISURA。然而他却不知道克雷亚的真实身份竟是被称为"革命的旗印"的少女——也是自己的杀父仇人尼娜。他们在途中遇到了来自天空一族的袭击，危急关头，神圣雷姆瓦王国向他们伸出了援助之手……
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