电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师，担任全校最不被看好的班级3年E班的导师，与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物，却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂，却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定，也陪伴着他们到了7年后的未来。
近未来，被世人称为“美杜莎”的后天性细胞硬化症候群（ACIS）泛滥全球，被感染者经过30~60的潜伏期后，在短短的12天内就会病发身亡。死时全身石化，其状恐怖。由于没有任何的特效药和对峙办法，人类世界陷入一片末日般的恐慌之中。就在此时，科学研发企业维纳斯门宣称可通过冷冻睡眠的办法为人类保留生命的希望，但是全球仅有160人有资格走入冷冻胶囊。女孩一色霞（花泽香菜配音）幸运地成为160人中的一员，但是她也要被迫和相亲相爱的双胞胎姐妹生离死别。当小霞再次醒来时，发现维纳斯门总部情景怪异，接着一群奇怪生物袭击了这
