年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
湘北高中的一年级新生樱木花道在初中就有了被50个女孩抛弃的“悲惨”经历，最后一个女孩抛弃他原来是看上了篮球部队小田，由此樱木对篮球更是深恶痛绝。进入高中后，樱木看上了美少女赤木晴子，晴子十分热爱篮球，为了赢取晴子的芳心，樱木决定加入篮球部。在侥幸赢得与篮球队队长赤木刚宪的打赌后，樱木顺利加入了篮球队。随着国中篮球联赛的最有价值球员流川枫的到来、伤愈复出的控位宫城良田以及误入歧途的前国中最有价值球员三井寿的回归，去年不堪一击的湘北篮球今年可谓人强马壮，虽然问题少年一大帮，但是在队长赤木刚宪的带领下，这一群以
一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看
东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调
风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底
就职于童守町小学的鵺野鸣介（置鲇龙太郎音）虽然外表平平，实际却有着非同寻常的经历。他在小学时曾被魔物侵染，其具有灵力的女老师牺牲自己将魔物封印在鸣介的左手之中，成为名副其实的“鬼手”。鬼手如同除灵师的凭神一样，既可与灵体沟通，又能完成各种离奇的除灵工作。童守町历来就流传着许多灵异传闻，起初不被学生信任的鸣介在一次次除灵工作之后和学生们建立起深厚的感情。在这一过程中，他也结识许多来自不同世界的伙伴：温柔可爱的雪女（白鸟由里音）、冷酷无情的妖狐玉藻（森川智之音）等，都给鸣介和学生们的生活中留下无限惊险和刺激…
在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中和同伴一起也成长了很多。因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪并且死神们驻守的灵屋・瀞灵廷被贼军袭击。贼军的真实身份是灭却师始祖・友哈巴赫所率领的“无形帝国”。“无形帝国”向死神们宣战。5天后，尸魂界被“无形帝国”歼灭
