东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调
在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问的铃木次郎吉（富田耕生配音）一骑绝尘，以三亿美元天价将其收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木宣布将联系分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎（小山力也配音）、展览企划负责人圭子•安德森（榊原良子配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣仓奈奈配音）等七位专家组成“七武士”团队为展览保驾护航。谁知怪盗基德（山口胜平配音）从一开始便锁定该画作，他不仅大闹
短篇「伊尔泽的笔记」中的伊尔泽·兰纳是第34次调查兵团出征成员，所在小组全灭。在走投无路之后，同样遭遇了巨人，但是却没有被马上吃掉，发现了惊人都现象巨人说出了有意义的言语。记录下之后，尝试着与巨人交流，未果。被巨人吞噬。但是，这个片段相当的关键。其用来记录的笔记本被利威尔兵长拾获。
堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一配音）和他的战友次元大介（小林清志配音）、石川五卫门（浪川大辅配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一配音）与目暮警官（茶风林配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击。另一方面，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪（入野自由配音）赴日卡演唱会，但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。人声鼎沸
光和2年。世界以重组的超合众国为中心统一，讴歌着和平的日子。但和平却突然宣告结束。以面具男·零的身份随娜娜莉同行去难民营慰问的朱雀，被谜之KnightmareFrame打败，两人被带走了。奉修奈泽尔的密命潜入战士之国·吉尔克斯坦王国的卡莲、罗伊德、咲世子，遭到神秘的Geass使用者袭击。而被袭击者称作“前向主”的C.C.也在那里。以曾经连神圣布里塔尼亚帝国的大军都击溃过的无敌王国为舞台，人们所描绘的愿望，是希望还是绝望？知晓Geass之事的吉尔克斯坦王宫众人，以及C.C.的心思究竟是——。
总集篇剧情有改动承接明年2月复活新作世界最大的国家·神圣布里塔尼亚帝国终于与黑之骑士团展开冲突。这正是鲁路修=面具男ZERO的计策。但唯一超出计算之事，令鲁路修感到困惑。那就是妹妹娜娜莉。另一方面，第2皇子修奈泽尔与黑之骑士团接触。他向扇和藤堂等人揭露了动摇他们统治的ZERO的秘密。战乱进一步激化，吞噬着众人的愤怒与悲伤、执着与愿望。为了未来，现在应该去做什么？这就是零之镇魂曲。埋葬涂满憎恨的旧时代，开拓新时代的祈祷。鲁路修与朱雀的故事，迎来冲击的明日。
知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利
以面具反叛者ZERO之身份增强反布里塔尼亚势力·黑色骑士团的鲁路修，与被任命为第3皇女尤菲米娅之骑士的朱雀。各自增强实力的两人，迎来了命运的转机。身为11区副总督的尤菲米娅，宣布了行政特区“日本”的成立。行政特区日本的实现，意味着黑色骑士团存在意义的消失。为了打破这一状况，鲁路修尝试与尤菲米娅会面。为了所要守护之物而做好的觉悟。GEASS的代价。一缕希望与悠久野望一同遭到翻弄，使悲剧逐渐加速——
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