年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲,不惜触犯炼金术中最大的禁忌,进行了人体炼成。可是炼成失败了,哥哥爱德华失去了左腿与右臂,弟弟阿尔冯斯失去了肉体,只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪,找回失去的一切,兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后,一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前,他被称作“钢之炼金术师”。
故事讲述西元2060年的地球,人口爆炸,造成严重的社会问题,为了抑制入人口,凡是生育超过一个小孩的人都必须处死。岂料有一个超级花花公子竟然让100个女人怀孕,导致生下100个具有相同好色基因(DNA)的小孩散布在世界各地。为了解决这个可怕的问题,未来政府派遣一位少女特使--加林,穿越时空来到90年代,试图找出这个16岁的高中嫌犯:超级花花公子……
长得像婴儿一样可爱的里包恩(西萩五十铃配音),真实身份其实是令人闻风丧胆的意大利黑手党杀手。他奉彭格列的第九代老大的命令,来到日本寻找彭格列的第十代老大沢田纲吉(国分优香里配音),并把他培养成合格的接班人。沢田纲吉外号废柴纲,就读于并盛中学一年A班,全科成绩平均17.5分,跳马只能跳三层,单杠向上翻转也不会,无论做什么事都不行的废柴。里包恩行为搞怪过激,让一向邋遢不求上进的纲头疼不已。但是里包恩通过必死弹,竟然让并盛中学的偶像笹川京子(稲村优奈配音)对一直默默无闻的纲产生了好感。纲慢慢开始接受里包恩的改造