在扎兹巴姆登陆城的战斗之后，斯雷因带着雅赛兰公主离开。而等到她再次出现在公众面前时，却变成了一个坚定的主战派。斯雷因则加入扎兹巴姆麾下，成为了一个骑士，驾驶着装甲坐骑，在火星和地球的战争中大显身手。伤愈归来后的伊奈帆则是看出了电视上的雅赛兰公主是冒牌货，决心找到真的公主。火星和地球的战争开始进入了相持阶段，丢卡利翁号战舰作为唯一能在科技上和火星对抗的武器，再次被投入了战争之中。
《怪物弹珠 第二季 消逝的宇宙篇》当解开全部的风水宝地的封印之后，诺查丹玛斯立刻预知到了恐怖的未来。从她吐露的只言片语中，莲等人感到一丝不安。这期间，斑目社长向全世界发表了新计划。就在世界处于震惊之际，莲与龙马的面前强敌"伊甸"现身！而此时，冷眼旁观事态发展的弥勒所采取的行动是——
从石器时代到现代文明，登上200万年的科学史！前所未有的技艺冒险故事，在此开幕！所有人类因神秘现象瞬间石化后已过了数千年——拥有过人头脑的，天才科学少年千空醒来了。面对文明已经毁灭的石之世界，千空决定，用科学的力量将世界恢复原状。他要集结新的同伴，建立起“科学王国”。但是，灵长类最强的高中生狮子王司率领着“武力帝国”拦住了他。司以净化人类为目标，想要靠强大的武力阻止科学发展。科学与武力间爆发了激烈的战斗，最终千空率领的科学王国取得了优势。由于同伴谋反，司陷入了人工冬眠状态。接着，为了复活全人类，科学王国要
全国初中生足球大赛以南葛中与东邦学园同时夺冠落下了帷幕。大赛后，为了迎接在法国巴黎举办的国际少年足球队大赛，日本国家少年足球队进行了球员选拔。队伍中不仅有誓要飞跃世界的翼，还有日向、若岛津，以及留洋球员若林、岬，组成了最强阵容。另一方面，实力强于日本的世界足球大国也开始了行动。德国的施耐德、法国的皮埃尔、阿根廷的迪亚斯、意大利的赫尔南德斯等等，新的对手们也为了夺得世界第一的宝座而齐聚巴黎。拼上梦想与骄傲的激战，此刻正要打响!!
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