1972年,连接地球与火星的古代文明遗产“超空间门”被发现。地球向火星派出了调查团,找到了古代文明的“Aldnoah”科技。之后,火星上成立了“弗思帝国”,与地球的联合政府开战,引发了让月球碎裂的“天堂陨落”。2014年,休战十余年的地球与火星开始进行和平谈判,弗思帝国的大公主雅赛兰来到地球进行友好访问,却在日本的新芦原遭到恐怖袭击丧命。火星骑士以此为借口,发动了对地球的侵略,居住在新芦原的界塚伊奈帆被卷入了战火。而另一方面,雅赛兰的好友,随父亲移居到火星的斯雷因却发现,公主其实并没有死……
在扎兹巴姆登陆城的战斗之后,斯雷因带着雅赛兰公主离开。而等到她再次出现在公众面前时,却变成了一个坚定的主战派。斯雷因则加入扎兹巴姆麾下,成为了一个骑士,驾驶着装甲坐骑,在火星和地球的战争中大显身手。伤愈归来后的伊奈帆则是看出了电视上的雅赛兰公主是冒牌货,决心找到真的公主。火星和地球的战争开始进入了相持阶段,丢卡利翁号战舰作为唯一能在科技上和火星对抗的武器,再次被投入了战争之中。