《湄洲岛奇缘》讲述的是台湾光复后的一九四六年，在海南某码头，当年被日军掳到海南做苦力的台湾劳工林志雄带着身怀六甲的妻子阿清终于登上了台湾“安祥号”轮船返乡。天有不测风云，“安祥号”在返乡途中失去动力，老天爷抛弃了这条满载劳工的旧船。祸不单行，屋漏又逢连阴雨，阿清就要生产了。阿清终于生下了林海安、林海祥一对可爱的双胞胎。分离在即，林志雄夫妇把亲生儿子林海祥留在了湄洲岛上。带着难舍的情缘，离开了湄洲返回台湾。从此数十年，隔海想望，两地相思。五十多年后，随台湾妈祖信徒进香团到湄洲岛妈祖祖庙进香摄影，寻亲的林永吉
段大功和段大伟是一对品学兼优的好兄弟，但因家里贫穷，只能供一个孩子读大学，抓阄的结果是哥哥如愿以偿。于是，哥哥一帆风顺，毕业后作了服装设计师，弟弟却因帮哥哥凑学费而啷铛入狱。大伟误以为自己的被捕是哥哥设的局，八年来一直梗梗于怀。出狱这天，他拒绝回家，独自去闯天下。好在狱中时光并没有荒废，他结识了画家死囚，并学会了绘画。可正当他要崭露头角时，却被突然出现的老画家毕成扼断了前程。他以为又是哥哥暗中使坏，却不知这一切缘于老画家与死囚之间的一段恩怨往事。为了报复哥哥，更为了夺取自己曾失去的一切，大伟从此开始了和哥
曹氏家族，虽然富贾一方，以名门自居，可是其家族内部却存在着许多不为外人所知的矛盾与斗争。曹家二子曹天吉性格善良、风度翩翩，可是从小到大，他一直都是生活在深深的罪恶感里，无法自拔；事因儿时的他，由于贪玩，怂恿哥哥带着他到荒山远足，结果导致哥哥曹天裕在远行中染上恶疾，一直无法痊愈，遗恨多年，为此他们的母亲薛剑兰多年来都没能原谅曹天吉，还整日以泪洗面。
