作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所，然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机，之后又连续发生杀人事件，被卷入其中的两人一同解决充满谜团的连环凶杀案……
高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。为了回到宁静的生活，夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅，一段段关于妖怪的感人故事，就这样被引出。
铃木入间（村濑步配音）被双亲卖给了魔王沙利文（黑田崇矢配音），没想到沙利文因为没有子孙后代，所以对身为人类的铃木非常的溺爱。随着铃木渐渐长大，沙利文将他送进了恶魔学校巴比尔斯里深造，想要这所充满了恶魔的学校里生存下去，铃木的首要任务就是隐藏好自己的人类身份。大大咧咧冒冒失失的瓦拉克（朝井彩加配音）、外表御姐内心少女的阿萨兹勒（早见沙织配音）、看上去很聪明其实是个笨蛋的阿斯莫德（木村良平配音）、拥有强健的体魄和大条的神经的萨伯诺克（佐藤拓也配音），个性温柔而又善良的铃木很快就在学校里交到了好朋友。
游城十代在前往deueru学术高中的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求cronos教授让他同过考试之后就展开了挑战者之路........
以短篇集的形式，推出两篇人气故事“唤石”与“可疑访客”。讲述天生拥有能够看见妖怪能力的夏目，和强大妖怪“斑”组成跨越人与妖怪的组合，为夏目崭新的高中生涯带来众多不同的邂逅…《唤石》篇夏目在森林中遇见小妖怪－「三美」，据它说，它身负著名为「唤石」的职责，负责将具备神格名叫「岩铁」的妖怪从沉睡中唤醒。不过猫咪老师和妖怪们垂涎任务完成后能得到的美酒奖赏，计画要夺取唤石一职。夏目担心三美，决心出手相助――。《可疑的访客》篇田沼身边出现一位不可思议的客人。每天都会出现在他身边，只跟他说了一些话便离去。夏目得知该位客
年方15岁的高中生秋月孝雄（入野自由配音），专心学业的过程中不得不为了生计打工赚钱。母亲离家出走，他与哥哥过着看不到前方的生活。入梅之日，孝雄逃课来到日本庭园。在一座安静的小亭子里，27岁的职场女性雪野百香里（花泽香菜配音）边吃巧克力边饮啤酒的样子引起了孝雄的注意。似曾相识的二人，仿佛约定好了一般，每到落雨之日便从世俗的烦恼中逃脱出来，相会于这座钢筋铁骨都市丛林中宛若世外桃源的幽静角落。在梅雨季节的日子里，他们的心渐渐向彼此靠拢。志愿成为手工鞋匠的秋月，决心以雪野为模特做一双鞋。雨过天晴，艳阳高照，庭园中
在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？
在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一
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