秘密特工伊森（汤姆•克鲁斯 Tom Cruise 饰）隐藏了真实身份，准备和女友安心生活。这时，他突然接到了上级的电话。超市接头时，同僚向他传达了新的任务命令。任务中，他和黑人老搭档以及两位女将林赛（凯丽•拉塞尔 Keri Russell 饰）和珍（李美琪Maggie Q 饰）并肩作战，在攻入某大厦寻找一个名叫“兔子腿”的证物时，不幸中了埋伏，结果林赛当场阵亡。因为被控失职，汤姆身心背负了巨大的痛苦，在跟上司闹翻之后，他执着地追查着这起事故的起因，却在死者遗留的秘密视频中发现了一个惊天大秘密。为了给死者报
某医学博士在派对上被一名透明人杀死，探员特纳（彼得·费辛利 Peter Facinelli 饰）与丽萨在勘察现场时却被告知此案由国防部接手，而他二人的任务是保护女生物学家道尔顿（劳拉•里根 Laura Regan 饰）。另一方面，透明人在杀死医学博士前，得知令自己身体好转的缓冲药剂只有道尔顿才能提供。特纳与丽萨在保护道尔顿的当夜遭透明人袭击，利萨殉职，特纳在突然出现的军方包围中才明白道尔顿和自己都不过只是军方用来诱捕透明人的饵。愤怒的特纳带着道尔顿从军方的控制下逃跑，并要求后者说出透明人与军方千丝万缕联系
别看如今的杰克（蒂姆·艾伦 Tim Allen 饰）肚大腰圆，他可是曾经为政府所雇佣的超能力秘密特工，当年，为了消灭人类最强大的敌人“激进派”，杰克不仅失去了他的战友们，同时也失去了自身的超能力。军队放弃了再也没有利用价值的杰克，后者则过上了梦寐以求的正常人的生活。二十多年后的今天，当“激进派”分子再一次蠢蠢欲动的时候，军队再度的找到了杰克，这一回，他将扮演一个十分特殊和重要的角色。杰克的任务是教导四个个性极其顽劣的的孩子，教他们如何正确使用和控制各自强大的超能力。对于杰克来说，这四个孩子可比曾经所遇见的
