方丽娟在一家广告公司任职，她一直受到上司Monica的歧视。Monica只想寻找机会把方丽娟解雇。公司老板的儿子胡启明从外国回来接手爸爸的生意，但他的兴趣是在制作甜点，所以他每天下班都会去学做蛋糕，回到家就要欺骗爸爸自己去了应酬。丽娟十分不满Monica对她的苛刻，错手把一个丑化Monica的动画发到了Monica的邮箱，Monica要求启明解雇丽娟，启明只好服从。绝望之际丽娟得知任何公司都不能解雇孕妇，所以她决定假扮孕妇。没想到正好有一个立功的机会，却被Monica识穿了她假扮孕妇的事，令一直疼爱她的客
1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决
1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现
刘建明（刘德华）在陈永仁（梁朝伟）被杀10个月后接受警队内部调查，被架空职权，加上家庭的变故，他的精神状态每况愈下，但他坚信局面很快就会扭转。年轻警司杨锦荣（黎明）在同事看来是怪人一个，他正凭着过人的业绩迈向警队最高层。为了搞清楚杨锦荣的真实身份，刘建明开始对其调查。刘建明渐渐发现韩琛旧日的生意拍档沈澄（陈道明）与杨锦荣有着千丝万缕的关系，为了置杨锦荣于死地，也为了不让自己的身份曝光，渴望做个好人已久的刘建明开始千辛万苦地找寻一个又一个证据，可是他总在最接近真相时功亏一篑。
警校同届毕业生张伟杰（谢霆锋 饰）和倪峰（陈冠希 饰）毕业后各在不同的部门当差。杰和峰都在一次行动中的出色表现被派到张铁民（任达华 饰）带领的重案组，致力铲除巴闭巴辣兄弟。张铁民正是张伟杰的生父，杰一直认为生父抛弃了他与母亲，内心充满仇恨。峰发现了自己母亲的男友肥七（林雪 饰）被巴闭抓住了，峰极力解救却被偷拍了见面的过程。后来巴闭被抓，他以这张偷牌光碟威胁峰放走自己。这时峰已与杰的表妹颖芝（钟欣桐 饰）结婚了，为了家庭，峰不得不对巴闭言听计从，峰被停职。
2000年，美国战略武器制造商IMC成功研制出全自动化的战略机械人RS1，此一重要发明将会改写战争历史，因为机械人RS1将代替人类上战场，担当一切危险的任务，从此以后人类毋须再为无谓的战争付上宝贵的生命。可是，因为RS1的重大价值，惹来了一群高科技罪犯的垂涎；在RS1某次实验时，被不明来历电脑黑客入侵，造成重大破坏，连机械人设计人DR.CAMERON亦几乎命丧，幸而最后亦能渡过难关。不过IMC上上下下都仍未放心，事关RS1将被运往香港参加一个高科技战略武器展……
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