幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。r在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。r来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了
明治11年夏天，维新重臣大久保利通突遭暗杀。在这起事件背后，前维新志士志志雄真实（池田政典 配音）的身影渐渐浮现。当年他曾接任剑心担任刽子手，却最终遭到维新政府的背叛险致丧命。从地狱活转过来的志志雄，如今开始慢慢揭开“京都破坏计划”的黑幕。为了阻止志志颠覆明治政府的阴谋，密探集团——京都御庭番众的首领•翁交给遗孤少女卷町操（樱井智 配音）一项重要的任务，命她前去寻找曾经暗中支持着明治维新的刽子手拔刀斋——绯村剑心（凉风真世 配音）。操独自来到东海道，意外得知了心上人四乃森苍紫（安原义人 配音）的消息，
“我想一定是在那一瞬间，我就喜欢上她了…”15岁的秋月大和怀抱着“只要来到东京，只要上高中，就会有所改变！”的想法，独自一人从故乡广岛县来到东京读高中，寄宿在阿姨开设的女子澡堂兼出租宿舍“旭汤”。开学的前一周，大和在学校里看到努力练习跳高的朝比奈凉风，对她一见钟情。更让大和感到意外的是，凉风竟然就住在他的宿舍隔壁间。原本看似一无是处的男主角，在开学后的五十米短跑测验跑出惊人成绩，受到田径社的青睐；大和原先毫无兴趣，但在对凉风告白被拒绝后，改变心意入社成为短跑选手，借此拉近两人之间的距离，并希望以自己的比赛
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