《小黄人》围绕小黄人们的“前格鲁时代”展开叙述,并特别追溯了小黄人的起源。小黄人总是忠诚地为主人提供各种服务,兢兢业业,毫无怨言,直到它们失手“害死”每一任主人。在痛苦地失去一个又一个主人后,被困在冰洞之内小黄人们愈发焦躁不安,他们决定挺身而出,去到花花世界,再次寻找可以效劳的主人。
在播磨,武藏一行遇见了上杉龙臣统领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是讨伐盘踞在淡路岛的巨大鬼神“炮战龙八岐大蛇”。在那里,还有武田尚虎率领的武田武士团,与武藏同龄的武士岛津秋弘、尼子胜巳,以及稍显不通世俗的腼腆公主猿渡满等人。在各种想法翻涌的涡旋之中,武藏一行也加入了灭鬼的战斗。而他们要挑战的八岐大蛇,则是号称“从未被人伤及分毫”、铜墙铁壁般的鬼神。武藏和同伴们将要面对的,是一场前所未有的激战。
讲述在东京前往盛冈一趟疾驰的列车上,有5个刺客、杀手,他们发现各自的任务其实有着关联,于是问题来了:谁能活着下车?终点站有什么在等着他们?