优马是怪兽防灾科学调查所，也就是人们口中“怪科调”的新人员工。怪科调是为了预防、调查怪兽灾害及其灾后处理的调查组织。优马以”守护大家“为信条，每天努力地工作着。就在这时地球防卫队派来了一位名为石堂柊的人…怪科调一行人开始追踪夏贡的踪迹，但又陷入了危险之中！？这时出现在优马面前的是…
主人公朝仓陆有一天入手了了捷德升华器与奥特胶囊，得到了变身成捷德奥特曼的力量。与此同时也知道自己继承了堕入邪恶的黑暗巨人贝利亚奥特曼的遗传基因。自己作为在地球长大的普通年轻人，知道了自己其实是贝利亚的儿子。捷德奥特曼，也就是朝仓陆的命运发生了巨大变化。
1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年·藤宫博也亦拥有着变身成巨人“
3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。
本作改编自特摄作品《电光超人古立特》。高中一年生的麻中蓬，在某日回家的路上，对自称「怪兽使」却饿倒在路旁的谜之青年失马施以援手。为了迎击突然出现的怪兽，蓬与同班同学南梦芽、无业青年山中历、飞鸟川千濑共同被卷入了战斗之中。
地球上住着很多偷偷隐居在此的宇宙人。只有很少一部分的人知道这个真相，一般民众并不知情。在这样的社会中主人公 “工藤优幸”就职于以解决宇宙人所产生的纠纷为主的民间警备组织“伊吉斯”每天为了和平而努力工作着。而他身上却隐藏着连自己都不知道的秘密，那就是附在其身上的泰迦奥特曼的光之粒子，泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻，新的故事开始了。
有一天，马格玛星人及孪生怪兽来袭地球。当时身任地球防卫队MAC的队长诸星团，立即变身为赛文奥特曼迎战。但不敌，幸得雷欧奥特曼现身相助，才合力把怪兽赶走。在此战役中，诸星团因伤重而瘸腿，且损坏了奥特眼镜，便再不能够变身成赛文了。因此，他诚邀凤源（雷欧奥特曼）加入MAC，并委以保卫地球的重任。
在父亲经营的小卖店工作的凑活海与大学生的凑勇海两兄弟与妹妹和父亲一同生活在一起，2人突然与在城市中出现的未知巨大生物（怪兽）遭遇！某日，兄弟二人获得了罗布回旋闪光和罗布水晶；以罗布回旋闪光及罗布水晶的力量2人奥特曼变身！罗索奥特曼＆布鲁奥特曼的战斗从此开始！
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