地球上住着很多偷偷隐居在此的宇宙人。只有很少一部分的人知道这个真相，一般民众并不知情。在这样的社会中主人公 “工藤优幸”就职于以解决宇宙人所产生的纠纷为主的民间警备组织“伊吉斯”每天为了和平而努力工作着。而他身上却隐藏着连自己都不知道的秘密，那就是附在其身上的泰迦奥特曼的光之粒子，泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻，新的故事开始了。
身体羸弱但极富正义感的少年王超在国术大师唐紫尘的引领下，走上传统武术的道路，一路开挂，超越自我。他体验武术人以武止戈、以德服人的精神，也将传统武术发扬光大，弘扬正气。
有一天，马格玛星人及孪生怪兽来袭地球。当时身任地球防卫队MAC的队长诸星团，立即变身为赛文奥特曼迎战。但不敌，幸得雷欧奥特曼现身相助，才合力把怪兽赶走。在此战役中，诸星团因伤重而瘸腿，且损坏了奥特眼镜，便再不能够变身成赛文了。因此，他诚邀凤源（雷欧奥特曼）加入MAC，并委以保卫地球的重任。
随着天人（宇宙人）的袭击，城镇和整个江户的价值观发生了改变，宇宙人、高层建筑、摩托车什么的都出现在了世界上。此时依然存在着有着不变灵魂的最后的武士，这个男人的名字是坂田银时，通称万事屋・阿银。阿银是个马虎、鲁莽并且超爱甜食的人，每天在悠哉和若无其事中度过。在与伙伴们共度的时光中，阿银过着充满着笑与泪的温暖生活。
来自“华”国的少年千从，是个有印却无法使用言能的哑炮，但即使如此，他也梦想着能成为最强的言能师，并为此进入学城求学，开启了他的不灭人生。
在父亲经营的小卖店工作的凑活海与大学生的凑勇海两兄弟与妹妹和父亲一同生活在一起，2人突然与在城市中出现的未知巨大生物（怪兽）遭遇！某日，兄弟二人获得了罗布回旋闪光和罗布水晶；以罗布回旋闪光及罗布水晶的力量2人奥特曼变身！罗索奥特曼＆布鲁奥特曼的战斗从此开始！
猫眼三姐妹是个专门窃取美术作品的盗贼集团，她们作案时总会留下带有“猫眼三姐妹”字样的卡片。事实上，被猫眼三姐妹所盗的美术作品原本都属于她们失散多年的父亲海因茨，一位著名的艺术收藏家。犬鸣署的警员内海俊夫负责调查猫眼三姐妹的案子，但是逮捕行动却一次又一次失败。内海俊夫的女友来生瞳，经营着一家名为“猫眼”的咖啡厅，内海却不知道她就是猫眼三姐妹之一……
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。基因石能量不但引出东山再起的虫族，浩肯星人也来到地球抢夺基因石能量。虫兽吸收基因石能量，变得更难对付：独角仙兽吸取金属能量，原本坚硬的外壳变得更加无坚不摧；蜻蜓兽吸收高压电能量，成为能放电攻击的雷霆蜻蜓。加上浩肯星方面火力强大，让变形联盟陷入苦战。
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