曾经,人类与拥有凶恶咒术力的女王--妃魅祸率领的邪魔大王国的埴轮幻神发生过壮绝的战争,战争最后以人类封印了妃魅祸而获得了胜利。在那场战争的50年后,人类在平静的生活中渐渐忘记了那场战争。但是,埴轮幻神又一次出现了!与它们展开战斗的是司马迁次郎博士率领的BUILD BASE!高校生草薙剑儿借着由从BIG SHOOTER射出的各种部件装着组合而成「钢铁神吉克」,与它们展开了激烈的战斗。现在,关系到人类存亡的新的战斗开始了……
2012年2月,东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅(20岁)和V仔兽修行拉面技艺的时候,遇到了虽然拿着有裂纹的数码器,但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽,我的搭档数码兽被我