于2001年10月开始放送的人造人009系列TV动画第三作，共51话的彩色动画，通称平成版。 其中1-27话为バトルアライブ（Battle Alive）篇，28-48话为第二章 地上より永遠に（从现在到永远），49-51话为完結編〜Conclusion God's War〜序章〜。此外另有总集篇47.5话黄泉的群像。到48话为止即可视为完整的一个故事，关于完结篇之后会另外详细介绍。 平成版是以忠实于漫画原作为方针制作的，以原作的起点“诞生篇”为开头、“地下帝国黄泉
恒古以前，黑暗之神与光神大规模交战。黑暗之神放出数条龙王。龙王，亦称dragon lord，逐渐变化成吞噬众神的魔兽。中立的神祇们逃往亚雷克拉斯特大陆的南方大地，舍弃神的肉体将不灭的灵魂封印于野兽中，变化为神兽王。神兽决定了结界与周期，留于与外界交界之处，建立起一个完全的世界。这个封闭的异界大地，名为“水晶国”。“兽之牙”决定大举进攻贝尔迪亚，与巴尔巴斯决一死战。雷顿和碧萝忒丝来到巴尔巴斯面前，神王以强大的力量来诱惑雷顿，最后雷顿还是选择了与朋友们一起为正义而战！此时，碧萝忒丝将“混沌轮”掷向巴尔巴斯，唤
科技发达的机械化理想国度，帝国。驱使超自然力量·星灵术，作为“魔女之国”受人畏惧的涅比利斯皇厅。两国的漫长战争仍在持续。帝国最强战力伊思卡和别名“冰祸魔女”的皇厅公主爱丽丝莉洁在激战中逐渐了解对方的真心，被对方的人生理念和理想所吸引，成为了劲敌。二人在独立国家阿尔萨米拉粉碎了帝国和皇厅的阴谋，约定改日再见后，走上了各自的道路，却以意外的形式实现了约定。伊思卡和爱丽丝的妹妹希丝蓓尔达成交易，作为她的护卫潜入了皇厅。爱丽丝为了寻找希丝蓓尔，来到了皇厅的都市里斯伯登。偶然的重逢让二人的内心燃烧得更加激烈，然而与
邪恶组织――侵略一切，毁灭一切。这个残忍而狡猾的组织，其智囊正是王的心腹，邪恶参谋。面对地面遭受侵略的危机，奋起迎战的是不幸的魔法少女・白夜。与她对峙的邪恶参谋・米拉竟对她一见钟情……魔法少女与邪恶为敌，已然成为过去。相爱（不）相杀的二人，究竟未来会如何――？
