在不久的將來，有一個住院的少年〈小鈴（スズ）〉，他是一個植入了小倉涼的性格素子的擁有性格脾氣的精密機器人。性格素子，是一種人類的記憶載體，一旦從人類身上取出，植入性格素子機器人的體內，這種機器人，就會擁有記憶所有者的性格脾氣。涼死了以後，作為涼的替身，小鈴被涼的父母製造出來，現在，他正在不斷地整理自己的記憶，以求真正成為涼的替身。有一天，小鈴遇見了一個住在一個舊病房的，名叫清水畔＜清水ほとり＞的女孩。女孩在得知小鈴的身份後，說道：「與我正相反。」阿畔是因為生病而喪失記憶，不久將會死去。於是「擁不該有的記憶
在播磨，武藏一行遇见了上杉龙臣统领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是讨伐盘踞在淡路岛的巨大鬼神“炮战龙八岐大蛇”。在那里，还有武田尚虎率领的武田武士团，与武藏同龄的武士岛津秋弘、尼子胜巳，以及稍显不通世俗的腼腆公主猿渡满等人。在各种想法翻涌的涡旋之中，武藏一行也加入了灭鬼的战斗。而他们要挑战的八岐大蛇，则是号称“从未被人伤及分毫”、铜墙铁壁般的鬼神。武藏和同伴们将要面对的，是一场前所未有的激战。
在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭父亲；珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。 安宁的日子并未持续太久，获得自由的神乐在神无的的指引下，见到被封禁在生命之镜中的神久夜。五十年前，在神久夜的力量下，大地陷入永久的月圆之夜。弥勒的父亲弥苞法师将其封禁。为了解开禁锢，神久夜授意神乐寻找龙头之玉、蓬莱玉枝、佛之石钵、火鼠裘、燕之子
元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控
在播磨，武藏一行遇见了上杉龙臣统领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是讨伐盘踞在淡路岛的巨大鬼神“炮战龙八岐大蛇”。在那里，还有武田尚虎率领的武田武士团，与武藏同龄的武士岛津秋弘、尼子胜巳，以及稍显不通世俗的腼腆公主猿渡满等人。在各种想法翻涌的涡旋之中，武藏一行也加入了灭鬼的战斗。而他们要挑战的八岐大蛇，则是号称“从未被人伤及分毫”、铜墙铁壁般的鬼神。武藏和同伴们将要面对的，是一场前所未有的激战。
