令狐冲（李连杰饰）在按计划与日月神教的朋友会面后，将和小师妹岳灵珊（李嘉欣饰）等其他华山派师兄弟赴牛背山归隐退出江湖。路途中意外发现练就“葵花宝典”的东方不败（林青霞饰），但令狐冲不认识东方不败，误将对方当成一位美貌女子。后来几次相遇，还一道饮酒吟诗。在同任盈盈（关之琳饰）、蓝凤凰（袁洁莹饰）会合后，几个月来江湖不平，大事连连。任我行为东方不败所囚禁，他们商量着夺回日月神教，便乔装进入浪人营打探，救出任我行。另一边华山派弟子惨遭毒手，黑木崖上，令狐冲和一干人都想着报仇，他惊觉眼前人竟是东方不败……
诸国割据、战乱频生的五代十国。 后唐被后燕所灭，公主（李嘉欣）在柳若雄（李子雄）及赛小菁（杨丽菁）夫妇保护下逃亡，其父临终前，将一支藏有宝藏秘密的玉箫相交，公主找寻到宝藏便可复国。路上三人走散。公主误入夏侯谷，邂逅原是后晋太子的夏侯瑭（刘锡明），他正被姑姑（惠英红）所逼，苦练可以复国的独孤九剑，他的灭国仇敌正是公主。但因没有说破身份，两人反在后者的几番舍命相救生出真爱。柳若雄则被燕国师（刘洵）所擒，后者以利益作诱饵，令他生出叛逆之心。
一切都由一本科幻小说引起。小说家杨匡（刘兆铭饰）的科幻小说里描述了一种改造新人类的方法，那就是抽取人类的脑细胞，加以改造，以此甚至能控制被改造者的思想。这一切看似荒诞的想法，竟被一个阴谋控制全世界的富商看中。他出资建立了实验室，招募了一批手下，将杨匡捉了去做实验。后来，杨匡逃了出来，被人送到医院。医生原振侠（黎明饰）武功高强，为人正义，他发现杨匡十分沉默寡言，目光呆滞，经常用水清洗双手。杨匡的反常的表现引起了原振侠的注意，他和护士彩云（朱茵饰）决心找出杨匡背后隐藏的秘密。
