1966年，周慕云从新加坡回到香港，在偶然的机缘下住进2047号房，开始卖文生涯。有时他彷佛完全忘掉了过去，但有时，他彷佛只是在欺骗自己，偶尔遇上某人、某事，往事复又在他心底骚动。他遇上不同的女人──新加坡的职业赌徒苏丽珍、在夜总会重逢的露露、住在2046号房的白玲、公寓老板的女儿王小姐。他们都不单只是擦身而过而已…在彼此内心短暂驻足后,他反而对过去更加历历在目,更加挥之不去。 于是他在一个小说里写下2046,这个属于未来世界的地方，将生活点点滴滴化为文字，将对往昔的悼念，化为对未来的憧憬。他写下一
十七世纪初，著名的关原之战爆发。渴望出人头地的作州人新免武藏（木村拓哉饰）所在军队惨败，为了将好友本位田又八的消息带回家乡，他冒着被当作残党的危险返回，结果被武功高强的僧人泽庵（香川照之饰）擒住。垂死之际，他得到又八的未婚妻阿通（真木阳子饰）的救助，并带着这名可怜女子逃跑。途中武藏再度被擒，却于牢狱中自发展开了作为一名武者的修炼。四年后，姫路城主池田（笹野高史饰）为其赐名宫本武藏，允许他云游四方，磨炼武功。在之后的岁月里，武藏拜访了吉冈清十郎（松田翔太饰）、柳生石舟斋宗岩（武田铁矢饰）、日观住持（西田敏行
正义感十足的新人检察官冲野启一郎十分敬仰当初的导师最上毅。经过数年的历练，冲野终于如愿以偿调到东京地方检察厅刑警部，与成为最上麾下的一名得力干将。与此同时，橘沙穗也加入刑警部，成为冲野的事务官，但她真正的身份是卧底，其目的是获取检察官为了争取顶罪而使用非常乃至违法手段的铁证。不久后，一起夫妇谋杀事件将犯罪嫌疑人松仓重生带到冲野面前。松仓是23年前一起花季少女杀人案的嫌疑人，但因缺乏证据无法将其定罪，此案最终过了追诉期。愤恨不已的最上执拗地要将松仓绳之於法，为此他不惜授意冲野拼尽全力朝着预设的方向推进。人性
瓢泼大雨之夜，一名妙龄女子遭遇车祸身亡。当久利生公平（木村拓哉饰）和麻木千佳（北川景子饰）对肇事司机进行例行问询时，大阪地方检察厅难波支部检察官雨宫舞子（松隆子饰）意外出现在久利生的面前。原来死者和舞子正在追查的一起黑社会恐吓事件有关，种种迹象表明，雨夜车祸背后隐藏着不为人知的秘密。执着的久利生和伙伴们前往现场勘查，结果竟和纽斯特里亚公国大使馆扯上关系。由于大使馆享有治外法权，所以日本的检察系统根本无法取得对方的合作。在此之后，久利生等人接连遭遇死亡威胁，重重疑云无法打消这个固执男子追查真相的念头。他和伙
