2285年,在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号,返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为:如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等,最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知,进取号即将除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他,斯波克的遗体必须返回瓦肯星,否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星,寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了
邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球,他本人是一位智勇双全的领袖,但此刻已变成一个邪恶的狂人,他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰,后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……
星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战,经济及生态环境破坏殆尽,一位克林贡领袖遂在企业号太空船护送下前往地球谈和,中途却遭到阴谋份子暗杀,并且嫁祸企业号……