时为1987年，乔瑟夫·乔斯达与“柱之男”们之间的死战后过了50年……乔瑟夫为了为了帮助“被恶灵附身了”的外孙子·空条承太郎而来到了日本。原来那并不是恶灵而是幽波纹（替身）。替身突然出现的原因在于，从跨越100年的长眠中苏醒过来的吸血鬼·DIO与乔斯达家之间的令人忌讳的因缘。为了拯救受到DIO的诅咒而倒下的承太郎的母亲·荷莉，他们决定要打倒邪恶的化身·DIO，和伙伴们一起踏上了旅程。
《精灵宝可梦》动画改编自同名游戏，讲述了立志成为宝可梦大师的小智和皮卡丘结伴旅行的故事。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。《精灵宝可梦 无印》共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三个部分，因本作品无副标题，故又称为"无印"篇。
《神奇宝贝超世代》（Pokémon Advanced Generation）共分为芳缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，《神奇宝贝超世代》和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得优胜缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与神奇宝贝一同奋斗。 这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历
《精灵宝可梦太阳&月亮》是日本东京电视系于2016年11月制播的精灵宝可梦动画的第六个系列，接档《精灵宝可梦XY》播出。《精灵宝可梦太阳&月亮》是以第七世代游戏《精灵宝可梦 太阳u002F月亮》为基础制作的动画。系列动画官方中文译名从本作开始定名为《精灵宝可梦》。在《精灵宝可梦太阳&月亮》中，小智将前往阿罗拉地区，与同学莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内体验校园生活，目标为毕业。在阿罗拉地区里，小智与皮卡丘将和新的宝可梦相遇，获得Z手环并学会「Z招式」。
在黄昏雪中的某个教会，伊达京介被不知被什么人袭击即将断气的母亲亲手刺中心脏——这就是一切的开端。被误认为死去而被埋葬的京介，被美少女岬真夜从墓中掘出，而真夜却又被拥有世界级科技水平的大型跨国企业桐原集团绑架，京介自己也被神秘的变异人组织Hospital的刺客袭击。在陷入窘境的京介面前又出现了神秘男子壬生士郎，他告诉了京介出生后就被分开的双胞胎妹妹，以及她的分身Flicker的存在，而真夜即是Flicker中的一个。母亲的死和妹妹的谜团萦绕在京介脑中不知其解。为了救出真夜，京介与士郎一同闯进了桐原集团的海上
在日本的首都东京的地底深处存在一个为人所不知的地下世界-“东京地下城”。在地面上读中学的留美奈偶然遇到了从地下城逃出来的女巫Ruri和她的保护人Chelsea，决定用自己的力量保护他们。但是地下城的秘密组织“Company”，为了抓回Ruri完成他们邪恶的计划，派出他们的大将Supei来到地面上。 不久，同一屋檐下的生活使到留美奈发觉自己对露丽产生了特别的感情。没有任何特殊力量的留美奈为保护心爱的人而死于赤的手下，不过在露丽的力量下复活的他意外地得到了风之力······ 虽然赤放过了他们，但组织并没有
精灵宝可梦，简称宝可梦，是栖息于这颗星球的奇妙生物。天空、大海、森林、城市，全世界的每一个角落都能看到它们的身影。故事的主角是两位少年，目标在宝可梦对战中成为最强的小智，和梦想收服所有宝可梦的小豪。小智的搭档是皮卡丘，小豪的搭档是炎兔儿，他们将和许许多多的宝可梦一起，在广阔的宝可梦世界展开冒险。开始逐梦和冒险之旅吧！朝着宝可梦的世界！出发！
