纽约自然博物馆重新开张,小保安赖瑞·戴利(本·斯蒂勒 Ben Stiller 饰)带领泰迪·罗斯福(罗宾·威廉姆斯 Robin Williams 饰)策划了精彩的开幕演出。谁知演出刚刚没多久,泰迪、猴子他们便陷入混乱,所有博物馆的伙伴们大闹会场,赖瑞为此焦头烂额。事后他发现,复活黄金碑正被绿色的物质腐蚀,而这种情况似乎导致了藏品们的疯狂。赖瑞查找资料,断定黄金碑背后隐藏着不为人知的秘密。为了阻止混乱情况的蔓延,他决定前往大英博物馆求助法老王阿卡曼拉的父亲,当然那堆搞怪的藏品也都尾随而至。途中他们遇见了圆桌
时光飞逝,当年的小飞侠彼得·潘(Robin Williams 罗宾·威廉姆斯 饰)已长大成人,成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂(玛吉·史密斯 Maggie Smith 饰)的孙女结婚,并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨,其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份,以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。在带着妻儿探望祖母的路上,邪恶的铁钩船长(Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰)竟然再次出现,并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措,为了拯救孩子,他必须尽快找回小飞侠的身