自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
21世纪某天，神秘外星人突然入侵地球。奇怪的是外星人全部以20世纪80年代所流行的像素电子游戏形象出现，凡是被它们碰过的物体、人类无一例外都被像素化。现任美国总统威尔·库珀（凯文·詹姆斯 Kevin James 饰）深感事态严重，连忙电话叫来的当年极为擅长街机游戏的玩伴山姆·布伦纳（亚当·桑德勒 Adam Sandler 饰）。在另一个怪鸡朋友勒德洛·莱门梢夫（乔什·加德 Josh Gad 饰）的指点下，他们似乎明白了外星人的真身。入侵接二连三袭来，这群大男孩找来曾经的死对头埃迪·普兰特（彼特·丁克拉奇
埃文（本·斯蒂勒 Ben Stiller 饰）是镇上的一个商店经理，对社区的事务也十分积极。然而商店保安却遭遇了意外谋杀，当地警察却无心追查，埃文的生活就此被打乱，他决心自己找出凶手。埃文将目光投向了邻里街坊，并与同样在生活中受挫的鲍勃（文斯·沃恩 Vince Vaughn 饰）、富兰克林（乔纳·希尔 Jonah Hill 饰）和贾马克思（理查德·艾欧阿德 Richard Ayoade 饰）四人组成了邻里联防组，每天在镇上巡逻，当然也借此理由偶尔放纵。在一次驾车巡逻时，他们意外地发现了一个奇怪的金属球，与
1943年10月，美国海军在费城进行了一次人工强磁场的机密试验，即着名的费城实验（The Philadelphia Experiment），实验成功地将一艘驱逐舰及全体船员投入另一空间。在实验过程中，实验人员啟动脉衝和非脉衝器，使船只周围形成了一个巨大的磁场。随后整条船被一团绿光笼罩着，船只和船员也开始从人们的视线中消失。实验终止时，舰船已被移送到了479公里以外的诺福克（Norfolk）码头。此后，一些船员身上仍留有实验的反应，不论在家里，在街上，在酒吧间或饭店里，都会突然地消失又重现，让旁观者惊讶不已
