这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作研究对象，暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程，让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气，无异于常人，除了的惊人的生长速
菲利普·德朗布尔（布雷特·海尔赛 Brett Halsey饰）决定完成父亲的遗志，实现他生前留下的实验。但是菲利普的叔叔弗朗索瓦·德朗布尔（文森特·普莱斯 Vincent Price饰）拒绝提供任何帮助。无奈的菲利普只能雇佣艾伦·海因斯（大卫·弗兰克汉姆 David F rankham饰）来帮助自己，并动用父亲留下的资金。可是实验装备还没齐全资金就耗尽了。当菲利普威胁叔叔弗朗索瓦要卖掉属于父亲的那一半财产时，弗朗索瓦突然一百八十度大转弯，不仅态度有所缓和，还答应借给他资金。几经周折，时空交错机器终于启动，
在罪恶横行的高汉市，有一个令罪犯们心惊胆颤的名字：蝙蝠侠。蝙蝠侠（迈克尔•基顿 Michael Keaton 饰）穿梭于最黑暗的角落，四处打击罪恶。在一次打击罪恶的行动中，蝙蝠侠令匪徒尼巴（杰克•尼科尔森 Jack Nicholson 饰）落入了化学池。尼巴因此面部神经受损，成了永远咧嘴笑的笑面人，人称“小丑”。“小丑”杀死了团伙的首领，控制了整个高汉市的黑道。“小丑”利用化学药品让人发笑而死，他用这种方法袭击了博物馆，幸得蝙蝠侠及时赶到，挫败了“小丑”的阴谋。在女友碧姬（金•贝辛格 Kim Basin
