中国，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）与上海黑帮老大交易，对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义，欲灭琼斯之口。关键时刻，机灵小鬼豆丁（Jonathan Ke Quan饰）救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉（Kate Capshaw饰）。由于三人乘坐的飞机失事，跳机后，乘着橡皮艇，他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸，庄稼尽毁，饥荒横行，民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪，并将“从天而降”的琼斯一行视为神灵的化身，他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。魔宫果然充
美军一名飞行员在南美洲的原始森林失踪了，那里盘踞着不怎么友好的当地游击队。美军特种兵少教达奇（阿诺•施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger）率领部下亲自前往搜救。他们在森林里很快就发现了失踪的飞行员的尸体，死状恐怖。大家都认为那是当地的游击队干的，愤怒的队员开始寻找当地游击队的基地，要为同伴报仇。然而当他们发现当地游击队的营地时，发现当地人也被一种恐怖气氛所笼罩着。随后，队员们相继被袭击身亡，但每次都没发现敌人的半个影子。对方就像凭空隐形了一样。孤身一人的达奇决心凭自己的力量面对这股神秘恐怖
