自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉
飞行员迪克斯（约翰•特拉沃塔 John Travolta 饰）和希尔上教（克里斯汀•史莱特 Christian Slater 饰）搭档多年，虽然表现出色，但一直没有获得晋升。心中不服气的迪克斯决定用自己的手段向政府讨回他应得的一切。于是，在一次飞行任务中，迪克斯为了劫持隐形飞机上的两枚核弹，将希尔打出了机舱，幸亏希尔携带有降落伞，才幸免于难。迪克斯取得核弹后，向政府要挟巨额赎金，不然就将在城市中引爆核弹。另一方面，希尔和美丽女警泰丽（萨曼莎•玛西丝 Samantha Mathis 饰）正在极力追寻迪克斯，
如日中天的华盛顿年轻议员史蒂文•柯林斯（本•阿弗莱克 Ben Affleck 饰）的女助手研究员突然遇害，柯林斯在针对军火商峰点公司的国会听证会上一时失态，致使婚外情曝光，成为众矢之的，只好跑去大学好友兼昔日竞选顾问，《华盛顿环球报》的资深记者卡尔•麦卡弗里（罗素•克劳 Russell Crowe 饰）家暂避。麦卡弗里在调查一起凶杀案的过程中偶然发现死者竟与柯林斯的已故女助手研究员有关。在同事德拉（瑞秋•迈克亚当斯 Rachel McAdams 饰）的帮助下，随着麦卡弗里的调查一步步深入，峰点公司内幕与国
40年代的洛山矶唐人街，警员杰克（杰克•尼科尔森 Jack Nicholson 饰）因不满这里的黑暗，辞职当起了私家侦探。这天，一个自称莫拉雷太太的女子请杰克调查丈夫的外遇，杰克欣然接受。杰克发现莫拉雷原来是当地水利总工程师，正在为兴建水坝问题和当地农民争执。随后有人给 了杰克一些证明莫拉雷偷情的照片，隔天早上真正的莫拉雷太太却找上门来要求杰克停止调查莫拉雷。事情变得越来越迷离，杰克决心追查下去……
米尔德里德（琼·克劳馥 Joan Crawford 饰）的丈夫蒙特（扎查瑞·斯考特 Zachary Scott 饰）抛弃了妻子，也抛弃了他们的两个女儿。米尔德里德对大女儿维达（安·布莱思 Ann Blyth 饰）尤为溺爱，心中充满了愧疚，宁愿去做卑微的餐厅服务员也要让女儿吃好的穿好的过上等人的生活。在母亲的纵容之下，维达渐渐变成了一个眼中只有荣华富贵的女人。在威利（杰克·卡森 Jack Carson 饰）和艾伯特（布鲁斯·本内特 Bruce Bennett 饰）的帮助下，米尔德里德终于拥有了属于自己的餐厅
五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的
