爱丽丝（米拉•乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）重回在东京，向安布雷拉公司复仇。后者潜藏在地球的底部，威斯克（肖恩•罗伯茨 Shawn Roberts 饰）执行着自以为是的安全技术标准。爱丽丝闯入了禁区，直捣黄龙。而威斯克竟然不惜毁灭城市做困兽斗。最终，当他驾驶着直升机逃离时，却被爱丽丝胁迫，情急之下，他向爱丽丝身上注入了具有对T细胞的免疫病毒，令她丧失了超能力，只能驾机飞翔荒无人烟的阿拉斯加。地球上已经177天没有生命迹象。然而，爱丽丝却意外发现了克莱尔（艾丽•拉特 Ali Larter 饰）
蝙蝠侠（迈克尔•基顿 Michael Keaton 饰）归来了！自从打败“小丑”后，高谭市获得片刻的宁静。然而，又一个强大的对手出现了！这次是脾气乖张暴戾的“企鹅”。“企鹅”因为是次子，所以自幼就被父母遗弃，落下残疾，导致“企鹅”对整个社会都心生不忿。长大后“企鹅”的企鹅决心杀回高谭市，将市内的长子都杀光，并控制整个高谭市。在迫使邪恶商人马克斯（克里斯托弗•沃肯 Christopher Walken 饰）帮忙后，“企鹅”顺利当上了高谭市长。同时，马克斯的秘书西莉娅（米歇尔•菲佛 Michelle Pfei
高谭市的黑暗势力又开始蠢蠢欲动了，这次是毁了半边脸的“双面人”（汤米•李•琼斯 Tommy Lee Jones 饰）。一次，“双面人”袭击了马戏团，演员迪克（克里斯•奥唐纳 Chris O'Donnell 饰）阻止了“双面人”的阴谋，家人却因此惨遭杀害。布鲁斯（瓦尔•基尔默 Val Kilmer 饰）收留了迪克，并说服了满腔仇恨的迪克留了下来。因研究计划被拒绝而仇视韦布斯的公司职员爱德华（金•凯瑞 Jim Carrey 饰）成功研究出脑波吸收装置，化身成为“谜语侠”。“双面人”和“谜语侠
