故事发生在一个虚构的世界之中，在这里，突然之间出现了古代王朝遗迹群，人们称之为“迷宫”。在迷宫里，隐藏着数之不尽的宝物，而其中最为人津津乐道的，就是被称为“魔神金属器”的魔器。然而，想要得到这些宝物却并不是一件容易的事情，与之相伴的，是无处不在的危险和敌人。阿里巴巴（梶裕贵配音）是一位乐于助人的善良青年，一次偶然中，他结识了名为阿拉丁（石原夏织配音）的少年。一场意外让阿里巴巴背负上了巨额的债务，于是，他决定同阿拉丁，以及被其解放的怪力女奴隶（户松遥配音）一起攻克传说中最复杂却也是隐藏了最多宝物的第七迷宫。
住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。
这里是空中漂浮着众多岛屿的空之世界。在信奉神秘的岛屿“赛克汀瑟”上生活的少年格兰，以及会说话的羽蜥碧，某天，遇见了谜之美少女——露莉亚。露莉亚，是从企图以强大的军事力量支配这个空之世界的军事国家艾尔斯提帝国那里逃来的。格兰与露莉亚为了逃离帝国，带着格兰的父亲留下的写有“在星之岛伊斯塔鲁西亚等着”的书信，展开了前往壮大天空的旅程。格兰，在赛克汀瑟岛和羽蜥碧一起生活的少年。以失踪了的父亲留下的书信写着的“星之岛，伊斯塔鲁西亚”为目标，平时总是日不间断地锻炼，爱向有困难的人伸出温暖的援手。以跟露莉亚的相遇为契机
在都市的青少年中，流传着这样一个传言：只要在深夜零时登录“地狱通信”，将所怨恨人的名字写下来，且你的怨恨达到了可以委托的程度，地狱少女就会出现并交付你稻草人。一旦解开稻草人身上的红线，地狱少女就会立即把你怨恨的人带入地狱。不过，害人终害己。当你解开红绳，你自己的灵魂也会在死后坠入地狱。
毫无征兆的一天，杂音（Noise）突然袭来，与以往专注攻击人类相比，此次杂音似乎更有潜在的目的。曾在射月事件立下赫赫战功的雪音克莉丝（高垣彩阳配音）与立花响（悠木碧配音）通力配合，击败了杂音这一波的攻势，同时意识到太古遗产所罗门之杖才是这群杂音真正的目标。另一方面，世界歌姬玛丽亚（日笠阳子配音）受邀来日，与风鸣翼（水树奈奈配音）联手举行直播全世界的盛大演唱会。谁知演唱会开始不久，大批杂音入侵，玛丽亚代表反政府武装组织“菲尼”向全世界宣战，并且亮出了黑色的永恒之枪。围绕着神秘的所罗门之杖，克莉丝、立花响、翼
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
