《境界战机》以近未来的日本为主要舞台，公元2061年，日本被别国占领统治，世界分为4大经济圈互相为政，而日本人作为隶属国民，每日经受着压迫，16岁少年椎叶AMOU不擅长交际，每日过着阴郁的生活，不过，某日与自律型AI“GAI”的偶遇不但改变了他，还将最终改变日本的命运。
公历2061年，日本被4个世界主要经济圈分割统治、支配，日本人作为从属国的人民，每日过着悲惨的生活。也因各经济圈投放的人型特殊机动兵器AMAIM，使日本成为世界的最前线。喜欢机械的少年椎叶アモウ，某日与自律思考型AI「ガイ」相遇。以此为契机，アモウ坐上自己组装的AMAIM「ケンブ」，投身于夺回日本的战斗之中。
西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
时为公元2202年。自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球—
真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──在激战的彼端，等待着他的是……
浮于日本一隅的和平宁静的龙宫岛——一座与日本本土隔绝的孤岛人们长年过着和平、安静的日子。“你……在那里……吗？”有一天，一个遥远魑魅的声音传来，紧接着美丽而又不祥的生命体fostom从苍穹之间袭来。其实早在29年前，龙宫岛乃至日本就已不存在于地球的版图之上，这一切的谜团随着危险生物Festom的到来逐渐展开。一切的伪装被卸下，战火开始燃烧，这里将不再平静……龙宫岛上的少年真壁一骑在Fafner驾驶员丧生的情况下，无奈的踏上了驾驶巨人Fafner保护这块乐园的旅途。是坚决保护最后的乐园？还是懦弱的逃避现实？
一天，Festum突如其来袭击了龙宫岛被问及“你在那里吗…”的那一天起回溯到1年前。比总士、一骑等人高一年级的前辈将陵僚等人就读的龙宫岛中学，举行了错季的「毕业」典礼…。是的，那正是等待他们的命运之序章…。
原作XEBEC総監督能戸隆監督羽原信義シリーズ構成冲方丁キャラクターデザイン平井久司メカニックデザイン鷲尾直広プロップデザイン白井瑠子色彩設定関本美津子美術監督青木薫(美峰)（デザイン）、小濱俊裕(美峰)撮影監督青木隆3D監督井野元英二（CGIディレクター）編集伊藤潤一音響監督三間雅文音楽斉藤恒芳、ワルシャワ・フィルハーモニー管弦楽団音楽制作スターチャイルドレコードプロデューサー中西豪（EXODUSはエグゼクティブP）、須藤孝太郎、橋本龍→亀井博司、丸山博雄（エグゼクティブP）アニメーション制作XEBEC
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