升上二年级的泽村荣纯，终于拿下了春季甲子园的入场资格！目标仅仅是全国制霸！！名校终于复活。青道高中棒球社的极速进击开始！！
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（PokémonDiamond&Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。
高中生四月一日君寻（福山润配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他身边的好友百目鬼（中井和哉配音）和小葵（伊藤静配音）都是特殊能力者，百目鬼有着驱除妖魔的能力，而小葵则有招来厄运的体质。在命运的牵引下，四月一日闯进了壹原侑子（大原沙耶香配音）的店里，这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。于是四月一日委托侑子帮他远离鬼怪，作为代价，他留在店里打工。随后，他又结识了一个少女灵能力者，五月七日小羽。因为长期留在店里打工，四月一日穿越在次元间，接触到各种不思议现象。而在这
森川由绮（平野绫配音）是隶属于绪方事务所的大学生偶像歌手，外表可爱歌声甜美的她在社会上拥有着高超的人气。由绮有着一个从大学时代开始交往的男友，名叫藤井冬弥（前野智昭配音），对于他们之间的感情，由绮分外的珍惜和看重。可惜冬弥却并不这么认为，对于女友日益高涨的人气，生性胆小懦弱的冬弥感到了分外的压力，两人之间开始有了深深的隔阂。和由绮同一事务所的绪方理奈（水树奈奈配音）出现在了冬弥的视线中。和由绮不同，理奈拥有着时尚的外形，个性也颇为要强，但正是这样的不同吸引了冬弥的目光。与此同时，开朗活泼的泽仓美咲（高本惠
不幸的少年，高中生绫崎飒，为浪费无度的父母而被迫辛苦打工，怎知道借了1亿5000万日元高利贷的父母却逃之夭夭，用绫崎飒本人抵债。为了偿还高额巨债与逃避高利贷的追杀，绫崎飒选择诱拐一名少女。但阴差阳错，他却成了将这名少女从绑匪手中拯救出来的英雄。深受感动的少女表明身份，原来她是大富翁家的大小姐三千院凪。凪不仅帮绫崎飒偿还了1亿5000万日元的债务，更雇佣他到三千院家做管家。就这样，御宅族大小姐三千院凪与绫崎飒的羁绊生活开始了。
日本伊豆群岛中有一个名为六轩岛的岛屿，该岛是富豪右代宫家的私人领土，有关于该岛的流言从未停息。一条游轮正向岛屿驶来，船上乘坐的均为右代宫家族的族人，他们来到六轩岛，是为了参加一年一度的家族会议。岛主右代宫金藏（麦人配音）因沉迷于黑魔法研究和酗酒身体早已不堪重负，族人们此行正是为了讨论他巨额遗产的分割问题而来。表面上和气的亲戚们，每个人的心中都打着有利于自己的算盘。作为次男家的独子，战人（小野大辅配音）抬头望去，海猫在天空中盘旋，暴风雨就快要来了。岛上发生了猎奇杀人事件，自私的族人们接二连三的以惨绝人寰的姿
