在3月13日，也就是大学入学考试的当天早上，阿良良木历被卧烟伊豆湖所杀。在死后世界等待着历的，正是八九寺真宵。她将历带到某个地方，迎接他们的，则是根本想象不到的人物。（包含单行本的3个篇章，即《真宵地狱》《黑仪约会》和《扇黑暗》）
这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚。过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭，但人，神，魔三族共同战斗，作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来。接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半。二千年以后，世界始终和平安宁。 不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧并崇拜它。某一天，一位少女夺走了保护严密的神族的钥匙。世界的均衡渐渐被打破。当巴哈姆特再次发出吼声之时，世界再次落入绝望的深渊。世界啊，毁灭吧！某个声音如此肯求着。
由于进入了禁止入内的仓库而被逐出本宅，并被下令住到别馆的“奇异太郎”。他在那里遇到了座敷童子“铃”，并开始了同居生活（？）。妖狐、雪女、雪娘等各种各样的怪异来到了别馆。面对奇异太郎和铃，怪异们时而让他们欢笑，时而让他们困扰，时而帮助他们加深羁绊。与并不可怕的怪异们度过的日常就此开始了。
神族、魔族、人类，三个不同的种族和世界，有一天通过一扇“门”联结了起来，从此三个种族生活在了一起，当然，在学校也不例外。土见凛，一个普通的男生，自幼双亲在一场事故中丧生，于是只能寄住在青梅竹马的芙蓉枫的家中。枫对凛一直有很深的感情，两人保持着平常的生活，直到有一天，神族的神王和魔族的魔王双双来到人间，并带来了他们两个可爱的女儿——西亚和奈莉奈。而凛居然要从她们两个中选择一个作为未婚妻！于是，一段复杂的恋爱故事就此开始……
主题：光明存在于黑暗之中。 ——“曾经有人说，那里是吞噬一切的黑暗。但是，并不是毫无光明。”（出自动画版第一集） 按照希腊神话的传说，潘多拉是承载着世界上的一切痛苦诸如祸害、灾难和瘟疫的魔盒，是众神因为人类的过错而制作的对人类的惩罚。而那被锁在盒子里的希望便是潘多拉的核心。 无论灾难多么使人痛苦绝望，在那之中一定隐藏着希望。
成为御影社土地神的是稚气未脱的女高中生·桃园奈奈生。某日，风神·乙比古带来了每年全国的神明们在出云集合召开的会议“神议”的请帖……
乖乖女尹镰终于鼓起勇气向青梅竹马的宫风曜告白，却得到一个模棱两可的答复。是告白的时机不对，还是自己不够优秀？与闺蜜讨论一番之后，决定在开学典礼上进行第二次告白，却没想到另一场突如其来的高调告白将尹镰原本平静的生活彻底打破。典礼结束后，突然出现的巨大怪物让整座城市都陷入了毁灭的深渊。亲眼见到心爱的人死于怪物之手，尹镰还沉浸在伤心中时，司马长欢却出现在她的身边然后强吻了她，融合出了可以迫坏一切的地狱魔神！司马长欢想要夺回碎片，尹镰想要世界不被破坏，同时追到宫风曜。两人决定达成合作关系。而另一股势力——天国也在
在此岸与彼岸的交界处，八百万神明和服侍他们的死灵——神器，以及被称为妖的魑魅魍魉一同生活着。某天，普通的女初中生一岐日和意外遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的青年夜斗。其实此话不假，夜斗是个没有神社供奉、缺少香火的落魄神明，因为性格缺陷，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大愿望的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五元（日语中“五元”与“有缘”同音）的香油钱折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。然而像这样一个粗心大意、性情不定，而且不能很好地听人祈愿、没有人知道的神明却有一个能
