来自英国、中国、美国等五个国家的六个孩子来到了小丸子(Tarako配音)的家乡清水市。来自意大利的安德烈(中川大志TaishiNakagawa配音)暂住在了小丸子的家里。小丸子他们和外国小朋友们一起在学校里上课,还利用周末一起前往大阪和京都去旅行。一开始,小丸子因安德烈太过热情而感到困扰,但是知道了他来日本的理由后便开始和他和睦相处了。他们俩一起去逛了庙会,并许下了“希望能再次见面”的愿望。然而,这些快乐的日子即将过去,他们将要迎来离别之时。
小月的母亲生病住院了,父亲带着她与四岁的妹妹小梅到乡间的居住。她们对那里的环境都感到十分新奇,也发现了很多有趣的事情。她们遇到了很多小精灵,她们来到属于她们的环境中,看到了她们世界中很多的奇怪事物,更与一只大大胖胖的龙猫成为了朋友。龙猫与小精灵们利用他们的神奇力量,为小月与妹妹带来了很多神奇的景观,令她们大开眼界。妹妹小梅常常挂念生病中的母亲,嚷着要姐姐带着她去看母亲,但小月拒绝了。小梅竟然自己前往,不料途中迷路了,小月只好寻找她的龙猫及小精灵朋友们帮助。
工业文明的高度发展,却最终带来灾难,一场为期7天的虫族毁灭战争摧毁了人类文明。一千年后,工业文明遗留下来的症结仍在困扰这个星球。带有强烈毒性的植物组成了令人望而却步的“腐海”森林,随着时间的推移,腐海有条不紊地向四周蔓延,蚕食周边世界。在一片腐海森林的旁边,居住着一群御风而行的人类。女主角娜乌茜卡和族人依靠海风的力量抵御着有毒孢子的侵蚀,过着平静祥和的生活。直到某一天,战火烧到了这里。西方强国特洛梅意欲重新建立人类霸权,他们计划统一周边诸国,然后向虫族发起总攻。另一方面,一千年前曾主导摧毁人类的上古怪兽“
古老帝国拉普达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛,传说那里已经无人居住,蕴藏着巨大的财富。因此,无论军方还是海盗,都在找寻着这座传说中的飞行岛。