“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A’s）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。另一边，时间回溯到四年前。昴·
不幸的少年，高中生绫崎飒，为浪费无度的父母而被迫辛苦打工，怎知道借了1亿5000万日元高利贷的父母却逃之夭夭，用绫崎飒本人抵债。为了偿还高额巨债与逃避高利贷的追杀，绫崎飒选择诱拐一名少女。但阴差阳错，他却成了将这名少女从绑匪手中拯救出来的英雄。深受感动的少女表明身份，原来她是大富翁家的大小姐三千院凪。凪不仅帮绫崎飒偿还了1亿5000万日元的债务，更雇佣他到三千院家做管家。就这样，御宅族大小姐三千院凪与绫崎飒的羁绊生活开始了。
伊庭树（福山润配音）是一位平凡的少年，在一场意外中，他失去了右眼，不得已带上了眼罩。伊庭树的个性格外懦弱胆小，稍有不慎就会吓到晕倒。七年前，伊庭树的父亲无故失踪，七年过去依旧了无音信，依照法律，伊庭树即将继承父亲的财产——一间名为阿斯特拉尔的公司。让伊庭树没有想到的是，这间表面看来十分普通的公司，经营的竟然是租赁魔法使的生意，个性活泼温柔体贴的穗波（植田佳奈配音）、美丽高贵的阿缔莉西亚（高桥美佳子配音）、稳重可靠的猫屋敷莲（诹访部顺一配音）、活泼乐观元气满满的葛城美贯（钉宫理惠配音），这些异于常人的魔法师
曾经，小林三平（喜多村英梨配音）和一位少女有着一个浪漫的约定，一晃眼十年过去，虽然两人此刻早已天各一方，但小林从未忘记过这段美好的回忆，并且时刻希望能够再度获得这位少女的音信。某个平平无奇的早晨，当小林睁开眼睛时，却发现一个红衣绿发的机器人出现在自己的身边，机器人名叫可美克（斋藤千和配音），它此番前来寻找小林，竟然是为了和他结婚。就这样，小林在莫名其妙之中开始了和可美克的同居生活，与此同时，陪伴在小林身边的还有他的青梅竹马牧原泉（高桥美佳子配音）、电波少女早川美咲（钉宫理惠配音）和搜查官黑崎凉子（白石凉子
奈叶（田村由香里配音）本是一位平凡的小学三年级女生，却因为意外遇见了来自异世界的尤诺而成为了魔法少女，投入到了争夺遗产的战斗之中。在上一次事件结束之后，奈叶告别了与之结下深厚友谊的菲特（水树奈奈配音），重新回归了平静的日常生活，接受着魔力训练，以防备敌人的下一轮猛烈袭击。某日，一个神秘的魔法结界出现在了海鸣市的上空，这不寻常的现象吸引了奈叶的注意。果不其然，奈叶遭到了红发魔法少女维塔（真田麻美配音）的攻击，让奈叶没有想到的是，维塔竟然一下子就破坏了奈叶坚固的防御。所幸菲特及时出现，奈叶才幸免于难，而维塔的
不良少年风间坚次（小西克幸配音）就读高中二年级，与横缟、长山组成不良少年团体“风间一派”。就是这么一个横行于校园之内的不良学生，在一次偶然的机会中，闯进了因成员太少面临废部的“游戏制作部”，遇到隶属该部的四名女子成员，她们自称身怀各自的“属性”——炎属性的柴崎芦花（花泽香菜配音）、土属性的乌山千岁、水属性的水上樱以及雷属性的大泽南。面对这种超现实的社团，坚次当然不肯加入，于是她们四人运用各自属性技能，对坚次发起攻击，目的就是让他加入。坚次不仅得面对四名带着“属性”的成员，还要对付随之而来的所谓“真正的游戏
动画第2季《Fate/kaleidliner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fate/kaleidliner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉雅重返过去的日常生活。然而，既然已经当过魔法少女，麻烦就会如影随形！这次她竟然是被无预警出现的另一个自己追杀!?魔法恐怖(？)故事。第2幕堂堂开演！
《绯弹的亚里亚》的百合版番外。主角是亚里亚和一个仰慕亚里亚的武侦一年级学妹间宫明里。
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