“这样的时间，若能一直持续下去就好了——。”结束了与第8张职阶卡片的英灵之间战斗的伊莉雅等人。为了尽情享受所剩不多的暑假，她们再次进入度假模式。但，这样的日常，过于轻易地被打破。在奔向发生异变的圆藏山的伊莉雅等人面前出现的脱离现实的人影。在突然的交战之后，空间震动。之后，在震动结束后，伊莉雅醒来所见到的是，隆冬的冬木市——平行世界。那里是，美游所出生、成长的世界。将重要的事物，全部守护住——。魔法少女的，实现普通而壮大愿望的战斗现在开幕！
那是，在被忘却的月球上开演的“EXTRA”之物语。 存在于月球的，拥有能实现任何愿望之力量的灵子计算机“Mooncell Automaton”。 构筑于Mooncell内部的灵子虚构世界“SE.RA.PH”。 赌上“圣杯”，由魔术师与英灵引发的新的月之圣杯战争，开演。
传说中，圣杯是能够实现拥有者愿望的宝物。 为了让这圣杯出现必须要进行一项仪式 被圣杯所选的七位魔术师MASTER 将被赐与圣杯所选出的七位使魔SERVANT 剑士“SABER” 枪兵“LANCER” 弓兵“ARCHER” 骑兵“RIDER” 魔术师“CASTER” 暗杀者“ASSASSIN” 狂战士“BERSERKER” 魔术师必须与这七种类的使魔其中一位订下契约并证明自己是最适合圣杯的人 换言之，魔术师必须消去其它的魔术师来证明自己是最强的 这样一整个求取圣杯的仪式被称为 “圣杯战争……
文伽是一位身着日本旧式邮政工作制服、手持不可思议手杖的无口少女，在她黑色的工作包中装满了贴着黑色邮票的信件。那并不是普通的信，而是已经过世了的人写给重要的人的信——死后文。少女与作为同伴的手杖“卡娜卡”一起往返于冥界与生界，传递跨越了生死的依恋。
在与巴泽特经历一场恶战之后，伊莉雅她们好不容易才回到平稳的日常当中，但就在此时，凛和露维雅却发现了潜藏在地底的第8张职阶卡片！为了回收这第8张卡片，伊莉雅她们不得不与巴泽特合作，但回收卡片的困难程度却超出了她们的想象……
在片桐高中上学的堀京子有着华丽的外表，同时成绩优秀、家务万能。某天，受伤的弟弟创太被陌生的“ピアス男”——同班的阴郁男生，宫村伊澄——送到家。惊讶于在学校与家中的不同，被看到在家中的另一面的京子动摇了。而以关怀害羞认生的创太为契机，宫村开始频繁的访问堀家。
随「不可思议的教室」DVDBOX发售新增的新作OVA。
新作为三部30分钟的短篇故事，时间轴设定在TVA 2期和剧场版之间，描写回归故里的角色们各自的活跃。
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