自前作中蕾哈尔背叛夜，并将其推落水中已经过去6年。在塔的20层，许多甄选人员因无法通过测试而贫困潦倒。甄选人员之一，屡次落榜的青年吉王男屡次被高利贷商人催收用于缴纳考试费用的借款，并终于在可能要签下贩卖自身器官的合同这一前提下，再次挑战20层的测试。在那里出现了一位拥有压倒性力量，把头发绑在后面随风飘舞的，名叫久·威傲来·格雷斯的男子。他是FUG的候补杀手，而FUG则是与统治塔的吉黑德和十大家族相敌对的犯罪组织（即所谓恐怖分子）。在测试中，高利贷商人兼催债人的公子普林斯、莲家千金梨花、人称「右臂恶魔」的大
正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴
圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在
织田信长驰骋在风云难测的战国时代。他的身边有其乳母之子池田恒兴随侍在侧。为了存活只能不断挣扎。以史实为立足点，那些以信长为核心的人物们，将编织出超越史实的全新故事。
公元10世纪末期，出现了在世界各地出没的最强民族。被讴歌为最强战士的托尔兹，其子托尔芬幼时便生活在战场上，并向往着梦幻大陆“文兰”。这是一个发生在激荡时代的，真正的英雄物语。
在古代墨西哥繁盛一时的太阳的子民阿兹特克，他们流传着一枚奇妙的「石鬼面」。那是一枚奇迹的面具，能让人拥有一种力量，能获得永远的生命并成为真正的掌控者。然而从某个时候开始，就从历史中消失了踪影。时光飞逝，来到了19世纪后叶。在这个人们的思想与生活产生激烈变化的时代，乔纳森·乔斯达与迪奥·布兰度相遇。二人一同渡过了少年时代到青年时代，最后因为「石鬼面」，而步上了奇特怪异的命运。
所属于“PINE RECORDS”（通称：PIRECO）的千岁春、熊谷绘里、龙王更纱、迎桐、迎羽织、箕作沙沙芽、西尾未来、雪野日阳、具志坚修普、金时琴子、诸冈露露11人，是名为“音乐少女”的偶像组合的成员。但“音乐少女”却是完全火不起来的C级偶像。虽然“音乐少女”不鸣不飞赤字累累，但制作人池桥和成员们却仍然在拼命努力着。池桥认为“音乐少女”需要新的成员。像是抓住成功的引爆剂那样的偶像！于是，他为了选拔而日夜操劳。在那样的一天，“音乐少女”与主人公·花子相遇了……
——虽然很突然，但世界已经灭亡了。1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！
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