在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子配音)、井之上京(夏树莉绪配音)、火田伊织(夏树惠配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们
故事背景为日本的江户时代,风是一家小茶馆的侍女,这天茶馆里来了一群地方恶霸,其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎,情急之下,茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面,地方官正在欺压老百姓,流浪武士“仁”路见不平拔剑相助,杀死了地方官身边的四个“高手”保镖,救下了穷人,因此得罪了地方官。随后,无幻和仁在茶馆里相遇并交手,忽然一场大火将他们困住,二人随之被捕。因儿子在大火中丧生,恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场,并且在风的帮助下,从刑场中逃出来了。作为代价,风要求
以海贼王为目标的少年蒙奇·D·路飞,将索隆、娜美、乌索普、山治、乔巴、以及Nico·罗宾加入了新的伙伴,继续航行。这时,在他们身边,巨大的船从天空落下。路飞们避开掉落的船,得救了。在令人吃惊的他们的身边被风吹到的“星巴邦”的地图,那是对天空之地“空岛”的地图。但是,突然天空突然出现了一个巨人的影子。摸索到空岛的路飞们在杰亚遇到了海贼勃朗峰·克里特。板球是400年前成为绘本的“骗子诺兰”的不光彩的探险家的子孙。但是,板球的祖先诺兰不是说谎,而是真的去了空岛。作为证据,路飞们知道了在航海日志中描绘的冲击的事实