奥利弗带上自己最爱的女人费莉希蒂,离开星城这个是非之地,去过安静祥和的小日子。可他们离开之后的星城,却迎来了史上最难对付的“幽灵”组织。这个犯罪组织的成员训练精良且武器装备齐全。最可怕的是他们的头目达米安·达克拥有超自然的“神力”,他力大无比,甚至可以隔空取人性命。“幽灵”组织在星城连续几次作案,留下继续义警事业的约翰、罗瑞尔以及西娅三人根本束手无策,完全摸不清情况,几次出师不利的他们只得邀请奥利弗回来协助他们一起消灭“幽灵”。差点向费莉希蒂求婚的奥利弗,对于突如其来的打扰表现的十分厌倦,期盼已久并踏上正
城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克,及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后,他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合,发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时,他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。