在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子配音)、井之上京(夏树莉绪配音)、火田伊织(夏树惠配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们
第四季终于进入美国篇,为了成为美国职业棒球手的吾郎只身前往美国。他刚一下飞机就遇到了小麻烦,一位名叫八木沼隼人的大学生帮助了他。八木和吾郎一样立志成为职业棒球手,于是两人便一同参加专业团体sammons的入团考试……吾郎的前进途中可谓困难重重,站上3A投手板的他,不得不与某个命中注定相遇的打手对峙。打手名为乔·吉普森·朱尼尔,正是那个“吉普森·朱尼尔”的儿子,不知为何,他莫名的憎恨着吾郎。这究竟是为何?第四季中,成为职业球手的寿也和眉村、升入大学后依然继续打棒球的小森、继任圣秀野球部队长的清水大河,以及吾