突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上
在“香兰堂”古董店打工的美术院学生仓桥永莉，被古老雕花玻璃杯中映出的金发碧眼的可爱少女吸引，秘密地享受着与这非人幻象邂逅的愉悦。香兰堂位于善导寺商店街地中心，那里出入的都是年轻美丽的女性，然而仓桥却没有任何兴趣，只是迷恋着玻璃杯中的少女。第七天的夜里，在雕花玻璃杯里，永莉看见了自己将少女杀害的幻象。然后，从玻璃杯中溢出鲜血，少女的幻象实体化，迫使永莉定下契约。这个名叫“柯婕特”的少女，要求永莉救出自己在“被诅咒器皿”中徘徊的灵魂。“喝下去，如果不想分离……如果不想失去我”，永莉被柯婕特强迫，喝下玻璃杯中鲜
第30代天子纣王，是文武双全的明君。然而，自从娶了妲己之后，纣王整个人都变了。原来，妲己是仙界首屈一指的仙女。纣王变得不问政事，极尽奢华之能事耗尽历代祖先所积累的财富，压榨百姓，课以重税。实际上，殷王朝早已被妲己和与她狼狈为奸的恶仙人、道士所支配。任何人胆敢反抗，格杀勿论。仙界眼看着事态日益恶化，决定将妲己等恶仙人赶出人界。然而，仙界亦无意再接纳妲己等人。 于是，他们在人界与仙界之间创造了新的“神界”，决定将恶仙人封在此处。这便是“封神计划”。受命执行封神计划的，是一位名叫太公望的昆仑山道士。太公望孤身
