本篇为《碧蓝幻想》公式四格漫画动画化作品！以宽阔的天空为舞台，性格各异的骑空团成员们展现新的一面！？「久等了，让你们看看我等真正的样子吧！」与你一起前往天空的世界——！
伫立于近未来大都市一角的忍者宅邸。住在那里的忍者一族石动家的长女·律花，憧憬着身为研究人员的父亲。她觉得平凡而幸福的生活会一直持续下去，但就在某一天，宅邸突然遭到某人的袭击。面对走投无路的危机，律花果敢地挺身而出，但——。成为劈开黑暗的“黑”吧！
在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。宇宙历0157年，分离的兄弟重逢于战场，在名为重力的命运指引下，降临大地母亲——地球。由于坠入大气层时遭受重击，斯巴鲁的爱机·杜兰德尔壮烈牺牲。宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员斯巴鲁的悲鸣响彻于残骸之上。――啜泣中的斯巴鲁，身体突然产生异变…！！总窝在驾驶舱内不出来的他竟然出现了驾驶舱戒断症状…
I-Machine——那是在极限环境下作业的大型机器人的总称。联盟学院学生三栗麻耶在使用I-Machine的途中被卷入事故，得到驾驶着I-Machine、如同海贼一般挖掘欧利哈特矿石的埃斯卡维特公司的宇宙船的帮助，并演变成要身为公司的一员进行工作的局面……。在各有特点的成员们当中生活的同时，麻耶开始逐渐了解何为“人类”。——隐藏在失去的记忆中的，是希望还是绝望——。
西元二○二一年，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，被驱逐至狭窄的领土，带着恐惧与绝望苟且偷生。至此过了十年，人类在能控制原肠动物病毒的少女们“受诅之子”力量下得以找到对抗怪物的最后希望，然而过去的伤痛却使两者之间出现难以填平的代沟，看似得到和平的人类社会正悄悄变质，暗潮越见汹涌。居住于东京的高中生少年里见莲太郎，是一位专门对抗原肠动物的“民警”中其中一份子，与自己的搭挡蓝原延珠一起从事许多危险的工作，就在某天接获政府的特别命令，内容竟是避免东京毁灭的高度机密任务……
高三的十月下旬，神原骏河向高中三年级的阿良良木历介绍了一位转校生——忍野扇。放学后，忍野扇说起了一些奇怪的事情。她曾转学过很多次，并将每一次到过的校舍都画成地图。他发现三楼的视听室被拉长，也许有隐藏的房间。扇和历发现了隐藏的房间，进去后里面有停止的时钟和推不动的门窗，一切就像停止了一样…这是解开阿良良木历构成之谜的物语，也是知晓一切起点的物语。
2036年日本东京因核电厂发生爆炸，全市受到严重的核辐射污染而遭到封锁，于此同时只有三名经过基因改造的女高中生成立了一支代号为「柯佩莉昂娃娃」的救援队伍，他们的体内天生具有辐射抗体，仅仅三人，她们以自己的眼睛去搜寻着生还者，这座曾经是繁荣首都的城市如今变成了死城，在救援过程中她们面临着危险的断垣残壁以及恐怖的变种生物，她们究竟如何突出重围呢？
16年前，射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱真正的女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的趋势下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政（大杉涟配音）。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。接受命运和女神的感召，经过艰苦训练的星矢（石川界人配音）、紫龙（赤羽根健治配音）、冰河（小野贤章配音）、瞬（冈本信彦配音）等少年相继回到日本，如今他们已成长为足以独当一面的圣斗士。与此同时，奉教皇之命的刺客接二连
