上一部结尾,尼奥(基奴李维斯饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
现代科技飞速发展,各种通讯手段越来越先进,极大拉近了人与人之间的距离,也让人们的隐私无处遁形,甚至生命也受到极大的威胁。某高中,近段时间流行死亡连锁信,该信件通过邮件发到他人的电脑和手机上,一经收到应立即转发,否则将有生命之虞。电脑游戏迷内尔·克纳斯(CodyKasch饰)偶然收到一封连锁信,他和姐姐瑞秋(凯瑞琳·威尔森CherilynWilson饰)玩笑般地发给了约翰尼·琼斯(麦特·柯汉MattCohen饰)、杰茜·坎贝尔(妮姬·里德NikkiReed饰)、丹特等好友,朋友们也将其视作笑话,或删除或转发