1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子配音），和伙伴石田大和（风间勇刀配音）、武之内空（水谷优子配音）、泉光子郎（天神有海配音）、太刀川美美（前田爱配音）、城户丈（菊池正美配音）、高石武（小西寛子配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后
以成为绘本作家为人生目标的白鸟隆士，住在东京一幢名为“鸣泷庄”公寓里。作为公寓管理员的是隆士的堂姐妹，还是位高中2年级学生的苍叶梢。鸣泷庄的每位住客都有着鲜明的性格。一号房的是梢的好友茶之畑珠实、三号房是一位独断独行的大姐姐——桃乃惠、五号房住着母亲黑崎沙夜子和中学二年级的女儿黑崎朝美母女俩。另外，六号房的灰原由起夫和手腕人偶强尼也各自过着各自的生活。可是，这其中真正的强者实际上却是梢。她有一个秘密，那就是在受到什么刺激而休克时就会“变身”。为了实现那不可知的梦想而入住在鸣泷庄的隆士，到底将会有怎样的生活
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